Ένας γιατρός, βουλευτής της Αριστεράς, δολοφονείται μετά την ομιλία του για τον πυρηνικό αφοπλισμό και την παγκόσμια ειρήνη. Ο εισαγγελέας που αναλαμβάνει την υπόθεση ξεσκεπάζει τους φυσικούς και ηθικούς αυτουργούς, αγγίζοντας το βαθύ κρατικό μηχανισμό. Η ταινία βασίστηκε στην ομώνυμη μυθοπλαστική επεξεργασία του Βασίλη Βασιλικού της δολοφονίας του βουλευτή της ΕΔΑ, Γρηγόρη Λαμπράκη, τον Μάιο του 1963 και την αναζήτηση των ενόχων από τον ανακριτή Χρήστο Σαρτζετάκη, μετέπειτα πρόεδρο της Ελληνικής Δημοκρατίας.
Ένας νεαρός άντρας διασώζεται από ψαράδες της Μασσαλίας, έχοντας χάσει τη μνήμη του. Οι έρευνές του για να ανακαλύψει την πραγματική του ταυτότητα τον οδηγούν στη Ζυρίχη και στη συνέχεια στο Παρίσι. Στο κατόπι του είναι η CIA, που γνωρίζει ότι είναι πράκτορας της, εντεταλμένος να επιτελέσει μια πολιτική δολοφονία.
Ο Bourne το μόνο που θέλει είναι να εξαφανιστεί, βρίσκεται όμως κυνηγημένος από τους ανθρώπους που τον δημιούργησαν. Έχοντας χάσει τη μνήμη του κι έχοντας να αντιμετωπίσει μία νέα γενιά εκπαιδευμένων δολοφόνων, έχει μία μόνο επιλογή, να ψάξει ο ίδιος και να μάθει το άγνωστο παρελθόν του.
Υποφέροντας από αμνησία, ο Μπορν έχει εγκαταλείψει το βίαιο παρελθόν του και ζει μια ήρεμη ζωή με την κοπέλα του, Μαρί. Τα σχέδιά του για μια ήρεμη ζωή ματαιώνονται όταν γλιτώνει παρά τρίχα από μια απόπειρα δολοφονίας. Τώρα, κυνηγημένος από έναν άγνωστο εχθρό, ο Μπορν αποδεικνύει ότι δεν είναι ούτε εύκολος στόχος, ούτε ένα άτομο του οποίου η ικανότητα, η αποφασιστικότητα και η ελαστικότητα μπορούν να υποτιμηθούν.
Όταν ένας ΑΙγύπτιος ύποπτος τρομοκρατίας "εξαφανίζεται" κατά την πτήση του από την Αφρική στην Ουάσινγκτον, η Αμερικανίδα σύζυγός του και ένας αναλυτής της CIA βρίσκονται μπλεγμένοι σε έναν αγώνα να τον απελευθερώσουν από μια μυστική βάση κράτησης κάπου έξω από τις ΗΠΑ.
Ο Μπερκ, βετεράνος πράκτορας της CIA, στρατολογεί και εκπαιδεύει στα μυστικά της υπηρεσίας τον Κλέιτον, ένα νεαρό κομπιουτερά, με τον οποίο αναπτύσσει αρχικά μια πατρική σχέση, για να τον βάλει στη συνέχεια σε ένα επικίνδυνο παιχνίδι διπλών πρακτόρων και προδοσίας. Υποτονικό κατασκοπικό θρίλερ, που θα μπορούσε να είναι και διαφημιστικό για την ένταξη νέων πρακτόρων στη CIA.
Η απόβαση στον Κόλπο των Χοίρων τον Απρίλιο του 1961 μόλις έχει καταλήξει σε φιάσκο για τους Αμερικανούς και τη C.I.A.. Ένα από τα ιδρυτικά στελέχη της οργάνωσης, ο Edward Wilson (Matt Damon) αρχίζει να νιώθει τη θέση του επισφαλή, ενώ φαίνεται πως εμπλέκεται και σε εσωτερικό οικονομικό σκάνδαλο. Οι αναδρομές που ξεκινούν το 1939, εποχή κατά την οποία ο Wilson ήταν ακόμα φοιτητής στο Yale, επιχειρούν να μας εντάξουν στην περίοδο και τις συνθήκες υπό τις οποίες συστάθηκε η C.I.A., η ισχυρότερη μυστική υπηρεσία του κόσμου. Η μύηση του νεαρού φοιτητή στην ελιτίστικη οργάνωση 'Scull & Bones', ο γάμος του με την Clover (Angelina Jolie), κόρη πλούσιας και ισχυρής οικογένειας, η στρατολόγησή του από τον στρατηγό Bill Sullivan (Robert De Niro) κι η ανερχόμενη πορεία του από τα χρόνια του Β' παγκοσμίου μέχρι εκείνα του ψυχρού πολέμου, έχουν στόχο να σκιαγραφήσουν την ιστορία των πρώτων δεκαετιών δράσης της οργάνωσης.
Ο φόβος της Αμερικής για τον Ψυχρό πόλεμο αναζωπυρώνεται έπειτα από το θάνατο του Ρώσου Προέδρου και τη διαδοχή του από έναν άνθρωπο με μυστικό παρελθόν. Οι σχέσεις μεταξύ Ανατολής-Δύσης γίνονται ακόμη πιο δυσχερείς όταν η CIA αρχίζει να υποψιάζεται ότι αποστάτες Ρώσοι επιστήμονες αναπτύσσουν νέα πυρηνικά όπλα. Ο διευθυντής της CIA επιστρατεύει τον Τζακ Ράιαν, ο οποίος έπειτα από έρευνα καταλήγει στο εξής συγκλονιστικό συμπέρασμα: τρομοκράτες σχεδιάζουν να προκαλέσουν πόλεμο μεταξύ ΗΠΑ και Ρωσίας, ενεργοποιώντας μια πυρηνική βόμβα κατά τη διάρκεια ενός ποδοσφαιρικού αγώνα.
Ο Frankie McGuire είναι ένας από τους πιο θανατηφόρους εκτελεστές του IRA. Όταν όμως τον στέλνουν στις ΗΠΑ για να αγοράσει όπλα, ο Frankie φιλοξενείται από την οικογένεια του Tom O'Meara, αστυνομικός της Νέας Υόρκης, ο οποίος δεν γνωρίζει τίποτα για την πραγματική του ταυτότητα. Η απροσδόκητη φιλία τους και οι υποψίες που σιγά σιγά αρχίζει να έχει ο Tom για το νέο φίλο του, θα αναγκάσουν τον Frankie να επιλέξει ανάμεσα σε μια ειρηνική ζωή ή μια ζωή γεμάτη δολοφονίες.
Ο Πράκτορας 47 είναι πληρωμένος δολοφόνος, δουλεύει για το Πρακτορείο και σκοτώνει για μετρητά. Όταν όμως παγιδεύεται σε μια πολιτική πλεκτάνη, καταλήγει να καταδιώκεται από την Ίντερπολ και το Ρωσικό Στρατό, ενώ ταξιδεύει στην Ανατολική Ευρώπη. Για να επιβιώσει θα πρέπει να ανακαλύψει ποιοι τον έχουν παγιδεύσει και γιατί θέλουν να τον βγάλουν από τη μέση. Η μεγαλύτερη απειλή για την επιβίωσή του όμως είναι η εμφάνιση συνείδησης και τα πρωτόγνωρα συναισθήματα που προκύπτουν από τη γνωριμία του με ένα όμορφο τραυματισμένο κορίτσι.
Ένας ψυχοπαθής ελεύθερος σκοπευτής σκοπεύει να κάνει μακελειό σε μεγάλο στάδιο του Λος Άντζελες κατά τη διάρκεια σημαντικού αγώνα ράγκμπι. Ο αρχηγός της αστυνομίας, Πίτερ Χόλι, κι ο διοικητής των ειδικών δυνάμεων, αστυνόμος Μπάτον, μαθαίνουν για τα τραγικά σχέδια του ψυχοπαθή και σπεύδουν να σώσουν την κατάσταση πριν είναι αργά.
Ο Πίτερ Ντεβερό, ένας πολύ καλά εκπαιδευμένος αλλά ταυτόχρονα εξαιρετικά επικίνδυνος πρώην πράκτορας της CIA, που έχει το κωδικό όνομα «The November Man» πρέπει να επανέλθει στην ενεργό δράση για μια πολύ προσωπική αποστολή. Πρέπει να προστατέψει μια μάρτυρα, η οποία ετοιμάζεται να αποκαλύψει την αλήθεια για μια συνωμοσία, που είχε γίνει πριν από δέκα χρόνια.
Μια νεαρή, αυθεντία στους ηλεκτρονικούς υπολογιστές, γίνεται στόχος μιας εγκληματικής οργάνωσης που θέλει να ελέγξει τον κόσμο μέσα από την εξουσία της πληροφορικής.
Μόλις πριν από το γάμο της κόρης του, ένας ευγενέστατος γιατρός ανακαλύπτει πως οι μελλοντικοί συμπέθεροι είναι διεθνείς λαθρέμποροι.
Ένας πράκτορας της ΣΙΑ προσπαθεί να διεισδύσει στη σοβιετική αντικατασκοπεία για να σταματήσει μια δολοφονική συνωμοσία.