Zakaj ga zasledujejo najeti morilci? Kdaj se je izuril v borilnih veščinah in kako je mogoče, da tekoče govori več jezikov? Odgovori na ta vprašanja vam ne bodo dali miru in vas bodo osupnili v sijajnih akcijskih prizorih na čudovitih evropskih prizoriščih. Njegova edina sled o lastni identiteti je bančni račun na kapsuli, vsajeni pod kožo. V sefu banke sredi Zuricha najde denar, orožje in osebne dokumente. Potem ko ga na ameriškem konzulatu preganjajo varnostniki, Bourne ugotovi, da ne more zaupati nikomur. Nemški ciganki po imenu Marie (Franka Potente) ponudi 10 000 dolarjev za prevoz do Pariza. Na poti sreča še več poklicnih morilcev, ki mu strežejo po življenju, medtem pa se prepriča o lastni spretnosti v borilnih veščinah, bojevanju in znanju jezikov – priročne veščine, ki kažejo na njegovo vohunsko preteklost in morilsko izurjenost – ampak za koga je delal? Z Mariejino neprostovoljno pomočjo se Bourne dokoplje bližje resnici, ki jo skušajo agenti CIE za vsako ceno utišati.
Potem, ko mu je skrivna agencija vzela identiteto, spomin in ljubljene osebe, se skrivni agent Bourne vrača še v tretje, da bi dokončno obračunal z ljudmi, ki so mu uničili življenje, in ki ga še vedno skušajo za vedno utišati. V iskanju odgovorov ga sled pripelje do zvedavega novinarja Rossa, ki prav tako postane tarča neusmiljenega vladnega predstavnika Noaha. Ta v lov za ubežnikoma pošlje odločno agentko Pamelo, po življenju pa jima streže tudi okrutni morilec Paz, toda vpleteni se ne zavedajo, da je Bourne najbolj nevaren prav takrat, ko ga pričnejo stiskati v kot.
Pred dvema letoma je Jason Bourne odkorakal v neznano in pustil preteklost za sabo. Zdaj pa se preteklost vrača. Bourne in Marie sta uspela živeti neopazno, nevpadljivo, izven vsakega sistema. Selila sta se iz kraja v kraj, da bi bila neprestano korak pred morebitno grožnjo, ki jo Jason Bourne, stalno pod vtisom raztrganih in nerazložljivih nočnih mor, vidi v pogledu vsakega neznanca, v vsakem telefonskem klicu, ki se konča z "Oprostite, napačna številka." Ko se v zaspani indijski vasici, kjer sta si spet za nekaj časa ustvarila dom, pojavi neznani agent, jima ne preostane drugega, kot da zbežita. Žal jima ne uspe. Bourne se mora posloviti od mrtve Marie. Prišel je čas, da izpolni obljubo. Nekdanjim nadrejenim je obljubil, da jih bo našel in obračunal z njimi, če ju ne pustijo na miru. Morali bi ga poslušati.
Leta 1973 je izraelska vojska izgubila borec z jedrsko raketo, ki so ga izstrelile sovražne sile. Rakete ni bilo nikoli več najti. Devetindvajset let pozneje ga stari Arabin najde na pol pokopanega in zapuščenega na Golanu ter ga proda najemniku s povezavami z neonacističnimi potenciali. Hkrati v Rusiji prihaja do nove menjave predsednika in novi vodja, komaj znan, ne vzbuja popolnega zaupanja za CIA ... Nova in vznemirljiva pustolovščina za agenta CIA Jacka Ryana (zdaj ga igra Ben Afflecka in prej sta ga zaživela Alec Baldwin in Harrison Ford). Film je imel polemiko tako, da se je problematike terorizma lotil apokaliptično, ko je bil spomin na 11. september še svež. Še več, v romanu Toma Clancyja so bili teroristi muslimanski fanatiki, toda producenti so se v adaptaciji filma odločili, da jih bodo "zamenjali" z neonacističnimi teroristi.
Nekdanji uslužbenec CIE Peter Devereaux (Pierce Brosnan) se vrne v akcijo – s posebno in zelo osebno nalogo, zaradi katere se znajde v vlogi nasprotnika svojega nekdanjega učenca (Luke Bracey). Zaščititi mora pomembno pričo (Olga Kurylenko), pri tem pa se zaplete v smrtonosno vohunsko igro mačke z mišjo, v katero so vpleteni visoki uradniki CIE in celo novoizvoljeni ruski predsednik.