Francesco guarda senza mezzi termini alle sfide più pressanti del 21° secolo, ponendo domande profonde sulla condizione umana. Il film è guidato da Papa Francesco che, con enorme umiltà, saggezza e generosità, offre commoventi lezioni dalla sua vita che illuminano ciò che servirà per costruire un futuro migliore. Nel fare ciò, affronta questioni come il cambiamento climatico, l'immigrazione, la pace e la tolleranza religiosa, il supporto LGBTQ, la giustizia di genere e di identità, e l'uguaglianza economica.

La Chiesa del Mostro degli Spaghetti Volanti è la religione che cresce più rapidamente al mondo. Io, Pastafari, seguo alcuni membri coraggiosi della chiesa, i Pastafari, che lottano per la loro libertà religiosa di accedere ai privilegi e alle eccezioni di legge concessi alle altre religioni.