اتفاقات فیلم در سال 2029 رخ می‌دهد زمانی که قدرت شفا بخشی ولورین به‌شدت کاهش یافته و پروفسور چارلز اگزاویر بسیار ضعیف شده است. با این حال، این دو به دنبال نجات یک دختر جهش یافته هستند. دولت در یک عملیات مخفیانه در نظر دارد که جهش یافته‌های زیر سن قانونی را دستگیر کرده و سپس آن‌ها را به سلاح‌هایی مرگبار تبدیل کند.
پسر مردی که یک دنیای مجازی را خلق کرده، به دنبال پدرش می گردد و نهایتا از همان دنیای دیجیتالی سر در می آورد. او در میابد که چیزی که پدرش ساخته به پلیدی گراییده است و ...
داستان فیلم درست از جایی آغاز می شود که قسمت اول به پایان رسیده بود. تریس و فور پس از فرار به بیرون دیوارها و خارج شدن از جامعه تحت کنترل جنین با گروه هایی در بیرون از مرز روبه رو شده اند که با یکدیگر متحد هستند و یک هدف دارند.
در ادامه قسمت قبلی این مجموعه گسنت شکن : شورشی" تریس باید با ۴ نفر دیگر به پشت دیواری که اطراف شیکاگو را گرفته فرار کنند تا در نهایت بتوانند واقعیت در مورد دنیای اطراف خود را بدانند.