Príbeh sa odohráva počas Druhej svetovej vojny v neokupovanom marockom meste Casablanca, ktorá sa tak stala prestupnou stanicou pre všetkých, ktorí sa snažili ujsť pred Nacistami z Európy. Láka však aj zločincov, špiónov a zradcov. Nočný život mesta sa koncentruje do baru Američana Ricka Blainea. Keď do baru prichádza Viktor Laszlo, vodca odboja na úteku, Rick spoznáva v jeho manželke svoju bývalú priateľku Ilsu. Stojí tak pred dilemou – má kvôli nej riskovať život a pomôcť jej alebo si zachovať vlastnú neutralitu? Situácia sa pre Ricka dramaticky mení, keď sa od nej dozvie, prečo ho pred rokmi v Paríži opustila.
Príbeh mladého chlapca Edmunda sa odohráva v zničenom Nemecku bezprostredne po druhej svetovej vojne, v období, keď musí krajina a jej obyvatelia začať od nuly. Edmund s rodinou zápasia o každodenný kúsok jedla – až kým Edmund nestretne svojho bývalého učiteľa, ktorý by mu mohol pomôcť. Zdá sa však, že Edmunda vystavuje ešte väčšiemu nebezpečenstvu.
Berlín, rok 1942. Friedrich Weimer má sedemnásť a práve ukončil školu. Pochádza z chudobných pomerov, napriek tomu však sníva o tom, že v živote niečo dokáže. Jediné, čomu sa intenzívne venuje, je box. Šancu dostáva v okamihu, keď sa stretáva s chápavým Voglerom, ktorý zdieľa jeho boxerskú vášeň a učí na elitnej nacistickej strednej škole (Napola). Ten zabezpečí, aby tam bol Friedrich prijatý, a stáva sa jeho mentorom. Friedrichovým novým priateľom sa stáva syn vysoko postaveného nacistického pohlavára Albrecht Stein - citlivý mladík, ktorý pred ním neskrýva svoje pochybnosti o ideológii, ktorú si ostatní študenti nechávajú bezmyšlienkovite vtĺkať do hlavy. V každodennej konfrontácii s tvrdým a námietky nepripúšťajúcim drilom sa Albrecht stále zreteľnejšie dostáva do konfliktov. Friedrich pochopí, že kamarát si svoj osud zvolil aj za cenu sebazničenia. Rozhodne sa, že využije posledného zvyšku slobody, ktorý mu osud ponúka, a pokúsi sa žiť čestný život.
Filmová dráma Amen. splieta dva príbehy: skutočné postavy - poručíka SS Kurta Gersteina, ktorý na vlastné oči, ako jeden z prvých videl vyhladzovanie Židov v koncentračných táboroch Belzec a Treblinka, a teatrálny svet temných tieňov Vatikánu a ich diplomatických hier. Tieto dva príbehy sú spojené fiktívnou postavou mladého jezuitského kňaza Fontana, ktorý sa snaží sprostredkovať poznatky a svedectvo Vatikánu tak, aby mohol Svätý Otec verejne deklarovať postoj cirkvi k židovskej genocíde. Hlavnou otázkou filmu je, či a za akých podmienok mal pápež verejne protestovať, či sa mal schovať za to, že sa bál represií voči katolíkom v okupovaných krajinách? Mal právo zostať v tieni svojej neutrality v snahe chrániť ich? Jedna z hlavných postáv filmu dáva kľúč k tejto záhade: "Pred vojnou sme mali pápeža vojny (Pius XII.). Po jeho smrti sme zvolili pápeža mieru, ale začala vojna! "
Príbeh z roku 1898 sleduje britského dôstojníka Harryho Favershama (Heath Ledger), ktorý sa odmietne postaviť do čela svojho pluku, keď zistí, že jeho regiment odchádza do Sudánu kvôli vojenskému konfliktu s "mohamedánskými fanatikmi". Priatelia a snúbenica mu pošlú štyri biele pierka, ktoré symbolizujú zbabelosť. Aby znovu získal stratenú česť, vydá sa v prezlečení za Araba do Sudánu, aby sa mohol dostať za nepriateľskú líniu a slúžiť britským silám ako špeh a prieskumník. Keď je jeho bývalý pluk napadnutý, Faversham tajne zachráni životy tým, ktorí ho predtým označili za zbabelca.