Thomas A. Anderson čovjek je koji živi dva života. Po danu je običan kompjuterski programer, a po noći haker po imenu Neo. Neo je uvijek ispitivao stvarnost, no istina je daleko od onog što je zamišljao. Kada se nađe na meti policije, kontaktira ga Morpheus, legendarni haker kojeg vlada smatra teroristom. Morpheus pokaže Neu pravi svijet, pustoš u kojem je većina ljudi zarobljena od strane strojeva koji žive od ljudske tjelesne topline i energije, a njihove mozgove zarobljuju u umjetnoj stvarnosti nazvanoj „The Matrix“. Kao pobunjenik protiv strojeva, Neo se mora vratiti u Matrix i suočiti sa agentima – super-moćnim kompjutorskim programima kojima je jedina misija riješiti se ljuskih pobunjenika.

Na trinaestom katu nebodera vizionari Douglas Hall (Craig Bierko) i Hannon Fuller (Armin Mueller-Stahl) najnovijom virtualnom tehnologijom na kompjuterskom su čipu stvorili Los Angeles, godine 1937. Fuller otkriva nešto iznimno važno, ali kada primijeti da je u opasnosti, u paralelnom svijetu ostavlja pismo Hallu. Kada se Hall probudi, ne sjećajući se prošle noći, pronalazi krvavu odjeću u svojoj kupaoni, Fullera izbodenog nožem, a on sam glavni je osumnjičeni. Kako bi riješio zločin, Hall započinje potragu za istinom koja ga odvuče u svijet prijevara i ubojstava. Stvarnost i fantazija nastavljaju se ispreplitati, a tanka linija koja ih razdvaja postaje još nejasnija kada Hall upozna prelijepu i zagonetnu Jane (Gretchen Mol). Kako bi pronašao odgovore, Hall mora prijeći granicu stvarnog u kompjuterski simulirani svijet koji je stvorio.