في الجزء الثالث من السلسلة الشهيرة تهرب (إلين ريبلي) من كوكب الكائنات الفضائية الغريبة، لكن تتعطل السفينة الفضائية في مصفاة بترول نائية، تضطر للبقاء إلى أن يتم إنقاذها بواسطة زملائها، لكن يبدأ كابوس الفضائيين المخيف في الظهور مرة أخرى، وتبدأ في مقاتلة القاطنين في تلك المناطق النائية، فهل ستستطيع (إلين) مقاتلتهم ثانية؟
صخرة فضائية بعرض سبعة أميال تندفع نحو الأرض ، مهددة بالقضاء على الكوكب. الآن ، الأمر متروك لرئيس الولايات المتحدة لإنقاذ العالم. لقد قام بتعيين رائد فضاء مخضرم قوي مثل المسامير لقيادة طاقم أمريكي روسي مشترك إلى الفضاء لتدمير المذنب قبل الاصطدام. في هذه الأثناء ، تستخدم مراسلة مغامرات ذكاءها للكشف عن مغرفة القرن.
سام ويتويكي يترك الأوتوبوت وراءه ليحيا حياة طبيعية. ولكن عندما يمتلئ عقله بالرموز المبهمة ، يستهدفه الديسيبتيكون ويتم جره مرة أخرى إلى حرب المحولات.
تدور قصة الفيلم حول إيلين ريبلي التي يتم إحيائها بعد 200 عاما من وفاتها، بعد تهجينها لتجمع بين صفات البشر وكذلك الكائنات الفضائية وما يتحتم عليها من أعمال لمواجهة تلك الكائنات الفضائية.
في عام 1993 ، تلقى مشروع البحث عن ذكاء أرضي إضافي إرسالًا يوضح تفاصيل بنية الحمض النووي الغريبة ، إلى جانب إرشادات حول كيفية لصقها بالحمض النووي البشري. والنتيجة هي Sil ، وهو مخلوق حسي ولكنه قاتل يمكنه التحول من امرأة جميلة إلى آلة قتل مطلية بالدروع في غمضة عين.
للعثور على الحقيقة ، يجب أن تؤمن. بعد ست سنوات من أحداث خاتمة سلسلة ملفات X ، أصبحت عميلة مكتب التحقيقات الفيدرالي السابقة الدكتورة دانا سكالي الآن طبيبة في مستشفى سيدة الأحزان ، وهو مستشفى كاثوليكي ، وتعالج صبيا يدعى كريستيان مصابا بمرض ساندهوف ، وهو حالة دماغية نهائية. يصل عميل مكتب التحقيقات الفيدرالي طبل لطلب مساعدة سكالي في تحديد مكان فوكس مولدر، الرئيس السابق الهارب لقسم ملفات X ، ويقول إنهم سيلغون مطاردته إذا كان سيساعد في التحقيق في اختفاء العديد من النساء ، بما في ذلك عميلة مكتب التحقيقات الفيدرالي الشابة مونيكا بانان. يتم استدعاء مولدر وسكالي مرة أخرى إلى الخدمة من قبل مكتب التحقيقات الفيدرالي عندما يدعي كاهن سابق أنه يتلقى رؤى نفسية تتعلق بعميل مختطف.