Entisen Neuvostoliiton alueella tapahtuu vakava onnettomuus. Ydinaseiden taistelukärkiä kuljettava juna tuhoutuu oudoissa olosuhteissa. USA:n hallituksen ydinaseasiantuntija Julia Kelly ryhtyy tutkimaan tapausta. Pian hänelle selviääkin, että onnettomuus on osa pirullista suunnitelmaa joiden tarkoituksena on hävittää asevarkauden jäljet. Kadonneiden taistelukärkien metsästykseen määrätään myös kovaotteinen erikoisjoukkojen eversti Thomas Devoe. Diplomaattinen Kelly ja kovaotteinen Devoe saavat luvan unohtaa henkilökohtaiset erimielisyytensä - ja orastavan romanssinsa - seuratessaan viimeistä puuttuvaa taistelukärkeä YK:n porteille.
Æon Flux taistelee 2400-luvulla maan viimeisessä elossa olevassa kaupungissa totalitaarista hallintoa vastaan. Æon on kapinallisten paras mahdollisuus päästä eroon alistavan steriilistä, "täydellisestä" yhteiskunnasta. Æonin tehtävänä on ampua hallituksen johtaja. Tehtävää suorittaessaan hän törmää mykistävien salaisuuksien verkkoon, joka saattaa muuttaa maailman tulevaisuuden täydellisesti.
Catherine (Nicole Kidman) ja Matthew (Joseph Fiennes) saapuvat syrjäiseen Australian autiomaakaupunkiin. Heillä on piinaava epäilys lastensa kohtalosta, kun heidän kaksi teini-ikäistä lastaan katoavat salaperäisesti pölymyrskyyn.