El misterio escolar comienza cuando Shaggy se inscribe como maestro de gimnasia en el Colegio para Fantasmas de Miss Grimwood. Pronto, descubrirá que los alumnos son... ¡las hijas de los monstruos más famosos y terroríficos del mundo entero!
El luchador Tinieblas adquiere una pintura que lo transporta, junto con Mil Máscaras y el Fantasma al siglo XVI. Aparecen en la casona de doña Luisa, hija de Hernán Cortés y la Malinche cuya momia está en un ataúd y cuyo espíritu es La llorona. Doña Luisa realiza sacrificios de jóvenes españoles en su honor y piensa hacerlo con los luchadores, pero El Fantasma destruye el cuadro y regresan a su época.
Realizando un experimento de hipnosis, el Dr. Almada (Ramón Gay) descubre que su novia, Flor (Rosa Arenas), es la reencarnación de una doncella azteca que fue sacrificada por amor y cuyo cuerpo fue ocultado en una cámara secreta en la pirámide de Yucatán, junto a la momia de su amante, condenada a velar por siempre el descanso eterno. Una vez que Flor recupera su memoria, es capaz de guiar a su padre (Jorge Mondragón), al Dr. Almada y su asistente, cuya personalidad secreta es la de un héroe enmascarado denominado El Angel (Crox Alvarado), hacia los restos de la doncella. Un inescrupuloso colega de Almada, el Dr. Krupp, también los sigue, obnubilado por la ambición de riquezas ocultas. Una vez que los expedicionarios profanan el esqueleto azteca, la momia, Popoca, despierta y aterra a los intrusos.
Haciéndose pasar por egiptólogo, un detective de policía llega a un pueblecito para investigar la desaparición de varias jóvenes de la comarca. Los lugareños atribuyen estos hechos a las extrañas practicas que se realizan en el castillo de Dartmoor.
El archicriminal Dr. Krupp, alias El Murciélago, escapa de la policía y el Dr. Almada y su novia Flor, son avisados por El Angel. Krupp planea saquear la tumba de Popoca, que está repleta de tesoros arcaicos. Krupp secuestra a Flor para que lo guíe al sepulcro. Almada y El Angel también son capturados, pero son liberados gracias a la intervención del hermano menor de Almada. Ya en la pirámide, El Murciélago trata de coaccionar a Almada para que descifre el jeroglífico que guarda la entrada al tesoro, en eso Popoca, la momia azteca, despierta para atacar a los profanadores.
Un muerto viviente está enamorado de la juvenil reencarnación de su milenaria amada.