Ένας χάκερ ανακαλύπτει ότι ο κόσμος γύρω του αποτελεί μια προσομοίωση της πραγματικότητας. Η ανθρωπότητα, εν αγνοία της, συντελεί στον ίδιο της τον αφανισμό, εκτός αν βρεθεί κάποιος να την αφυπνίσει.
Στο όχι και τόσο μακρινό μέλλον μια ομάδα νεαρών προβαίνει σε βιαιότητες: βανδαλισμούς, κλοπές, βιασμούς χωρίς λόγο ενώ δείχνει να το διασκεδάζει πολύ. Μετά από ένα ατυχές συμβάν, ο Άλεξ βρίσκεται στη φυλακή όπου διαλέγει να ακολουθήσει ένα νέο σωφρονιστικό πρόγραμμα που επινόησε η κυβέρνηση.
Στο κοντινό μέλλον άνθρωποι και μηχανές βρίσκονται σε διαρκή πόλεμο, μέχρι που το 2029, η νίκη των ανθρώπων είναι σχεδόν βέβαιη, εξαιτίας του ηρωισμού του ηγέτη μιας ομάδας επαναστατών, τον Τζον Κόνορ. Για να αποφύγουν την ήττα οι μηχανές στέλνουν πίσω στο χρόνο έναν εξολοθρευτή για να δολοφονήσει τη μητέρα του Τζον, πριν καν τον γεννήσει.
Ο Βίνσεντ είναι ένας από τους τελευταίους ανθρώπους που γεννήθηκε με φυσικό τρόπο, σε έναν κόσμο αποστειρωμένο και εργαστηριακά ελεγμένο, ώστε να γεννιούνται παιδιά χωρίς γενετικά ελαττώματα. Προκειμένου να υλοποιήσει το όνειρό του: να γίνει μέλος μιας διαστημικής αποστολής, παρά το βεβαρημένο ιατρικό του μητρώο, χρειάζεται να υιοθετήσει την ταυτότητα ενός γενετικά «τέλειου» αθλητή, επιλογή που θα θέσει σε κίνδυνο, ακόμη και τη ζωή του...
Κάπου στο μακρινό μέλλον, ο ιδιοκτήτης μιας πολυκατοικίας, χασάπης στο επάγγελμα, προμηθεύει τους γείτονές του με κρέας... ανθρώπινο, αφού πρώτα έχει κομματιάσει όλους τους υποψήφιους για τη θέση βοηθού στο μαγαζί του. Η κόρη του ερωτεύεται τρελά τον Λουίσον έναν από τους υποψήφιους για τη θέση και προσπαθεί με κάθε τρόπο να τον προστατέψει από τις περίεργες διαθέσεις του πατέρα της. Όταν όμως αυτός μαθαίνει σε τι κίνδυνο βρίσκεται παίρνει την κοπέλα και το σκάει, μαζί με μια ομάδα φανατικών χορτοφάγων, για το άγνωστο...
Ένας επιστήμονας που ζει σε μια σουρεαλιστική κοινωνία, απάγει παιδιά για να κλέψει τα όνειρά τους, καθώς πιστεύει ότι θα τον βοηθήσουν να καθυστερήσει τα γηρατειά του. Εκεί όπου το «κι έζησαν αυτοί καλά κι εμείς καλύτερα» είναι μόνο ένα όνειρο.
Απο τότε που δημιουργήθηκε ο άνθρωπος, κυριαρχούσε στον πλανήτη μας... όταν όμως, γιγάντια έντομα εισβάλλουν στην Γη με σκοπό να αφανίσουν το ανθρώπινο γένος, οι κανόνες αλλάζουν! Μια ομάδα εκπαιδευμένων στρατιωτών αναλαμβάνει μια πολύ δύσκολη, διπλή αποστολή: Να εξοντώσουν τους "εισβολείς" και να σώσουν τον πλανήτη απο την ολική καταστροφή!
O Νίο, ο Μορφέας, και η Τρίνιτυ μας «ξυπνάνε» μέσα στον αφόρητα πραγματικό και σκοτεινό κόσμο του Μάτριξ. Αποστολή του Νίο είναι, να σώσει σε 72 μόλις ώρες την Ζάιον, την τελευταία ελεύθερη πόλη, από ένα στρατό 250.000 φονικών μηχανών που απειλεί να την καταστρέψει. Σε αντίθετη περίπτωση το ανθρώπινο γένος θα εξαφανιστεί από προσώπου Γης. Οι κάτοικοί της ωστόσο, ενθαρρυμένοι από την πεποίθηση του Μορφέα ότι η προφητεία θα εκπληρωθεί και ο πόλεμος με τις μηχανές θα λάβει τέλος, χάρη στον «εκλεκτό» που είναι ο Νίο, εναποθέτουν όλες τις ελπίδες τους σ΄ αυτόν. Ο Νίο όμως, βασανίζεται από τρομακτικούς εφιάλτες που αφορούν τη ζωή της αγαπημένης του Τρίνιτυ.
1988, η Νέα Υόρκη έχει μετατραπεί σε μια τεράστια φυλακή, όπου οι εγκληματίες αφήνονται να επιβιώσουν με όποιο τρόπο μπορούν. 1997, ο πρόεδρος των ΗΠΑ, μετά από μια αεροπειρατεία στο προεδρικό αεροσκάφος, καταλήγει αιχμάλωτος στην Νέα Υόρκη. Σε έναν νεοεισαχθέντα κατάδικο, προσφέρεται αμνηστία με την προϋπόθεση να τον σώσει εντός 24ώρου.
Ο ειδικός στους υπολογιστές Χάνον Φούλερ έχει ανακαλύψει κάτι τρομερά σημαντικό. Πρόκειται να ανακοινώσει την ανακάλυψή του στο συνάδελφό του, Ντάγκλας Χωλ, αλλά μαθαίνοντας πως κάποιος τον κυνηγάει, ο ηλικιωμένος άνδρας αφήνει ένα γράμμα στον παράλληλο κόσμο που έχει δημιουργήσει μέσα στον υπολογιστή του, ο οποίος είναι αντίγραφο της δεκαετίας του 1930 με φαινομενικά κανονικούς ανθρώπους που έχουν πραγματικά συναισθήματα.
Ο Νίο έχει παγιδευτεί στον «Σιδηροδρομικό Σταθμό», μια διάσταση κάπου ανάμεσα στο Μάτριξ και τον πραγματικό κόσμο. Ο Μορφέας, η Τρίνιτι και ο Σέραφ οργανώνουν την επιχείρηση διάσωσής του ζητώντας τη βοήθεια του Μεροβίγγιου. Εντωμεταξύ οι στρατιές των Μηχανών κατευθύνονται προς την Ζάιον, το τελευταίο οχυρό της ανθρώπινης αντίστασης ενάντια στην κυριαρχία τους. Όμως δεν έχουν ακόμη αντιληφθεί πως κάποιος έχει αποκτήσει τον έλεγχο του Μάτριξ με σκοπό να καταστρέψει τα πάντα: ο κύριος Σμιθ! Ενώ η Ζάιον αντιστέκεται σθεναρά στις καταιγιστικές επιθέσεις των Μηχανών, ο Νίο καταδύεται στα άδυτα του Μάτριξ σε μια ύστατη προσπάθεια να έρθει αντιμέτωπος με τον Σμιθ και να ματαιώσει τα σχέδιά του.
Σε μια ζοφερή κοινωνία του μέλλοντος -με ανθρώπους που υπακούουν σε εντολές, εργάζονται μηχανικά και ζουν καταπίνοντας χάπια- ένας άντρας θα θελήσει να ξεχωρίσει από το πλήθος και να μάθει τι υπάρχει πέρα από την τέλεια οργανωμένη πολιτεία στην οποία ζει.
Το πλήρωμα του Εντερπράιζ θα επαναστατήσει ενάντια στην ίδια την Ομοσπονδία, όταν ο Πικάρ αποφασίζει να βοηθήσει την ειρηνική φυλή του Ba'ku εναντίον των Son'a. Οι μεν κατοικούν σε έναν πλανήτη που χαρίζει τη μακροζωία και τη σοφία. Οι δε θέλουν να τον κατακτήσουν και να εκμεταλλευτούν τις ευεργετικές του ιδιότητες.
Ο Τόμας Τζερόμ Νιούτον είναι ένας εξωγήινος που έρχεται στη Γη με ανθρώπινη μορφή για να βρει και να μεταφέρει νερό στον πλανήτη του που πεθαίνει από ξηρασία. Χρησιμοποιώντας τις γνώσεις του στην προηγμένη τεχνολογία, παρουσιάζει μια σειρά από εφευρέσεις και πολύ γρήγορα γίνεται ένας από τους πλουσιότερους και ισχυρότερους ανθρώπους του πλανήτη, με διασυνδέσεις που φτάνουν στα υψηλότερα κυβερνητικά κλιμάκια. Η απρόσμενη αυτή δύναμη και δόξα τον κάνουν να αλλάξει σχέδια. Γνωρίζει τον έρωτα, απολαμβάνει τις χαρές της ζωής στη Γη και αποφασίζει να μείνει. Πολύ γρήγορα, όμως, θα δει ότι τα πράγματα δεν είναι και τόσο ρόδινα. Η απληστία του κόσμου θα τον κάνει να νοσταλγήσει τον πλανήτη του.
Η χλωρίδα της Γης αποτελεί παρελθόν, ενώ ό,τι έχει απομείνει φυλάσσεται σε έξι γιγάντιους θόλους, συνδεδεμένους με ένα διαστημόπλοιο με τετραμελές πλήρωμα. Όταν έρχεται εντολή να καταστραφούν οι θόλοι, ο αστροναύτης Φρίμαν Λόουλ, παρότι ρισκάρει τη ζωή του, αρνείται να υπακούσει. Ο Μπρους Ντερν, σαν ένας Νώε από το μέλλον, αναλαμβάνει να διασώσει την τιμή και την ομορφιά ενός κόσμου που κάνει ό,τι περνά από το χέρι του για να πετύχει ακριβώς το αντίθετο: τον αυτοαφανισμό.