يدرك أحد قراصنة الكمبيوتر أن ما يعتبره معظم الناس واقعًا هو في الحقيقة محاكاة يتم إنشاؤها بواسطة آلات، فينضم إلى المتمردين ليتحرر.

بريان كوهين هو شاب يهودي عادي ، ولكن من خلال سلسلة من الأحداث السخيفة ، اكتسب سمعة بأنه المسيح المنتظر. عندما لا يتهرب من أتباعه أو يوبخه من قبل والدته الحادة ، يتعين على بريان التعيس أن يتعامل مع بونتيوس بيلاطس وأعضاء مهووسين بالحركة الانفصالية. مليئة بعبثية مونتي بايثون ، تجد الحكاية أن حياة بريان توازي تقاليد الكتاب المقدس ، وإن كان ذلك مع الكثير من الضحك.

يصبح (نيو) آخر آمال البشر، فهو الوحيد القادر على فعل المعجزات، ويحاول (نيو) أن ينقذ مدينة زيون التي سوف تقع قريبًا تحت حصار الآلات. يضع الجميع بقيادة (مورفيوس) ثقتهم الكاملة في (نيو)، ويعلقون عليه الآمال بإنهاء الحرب مع الآلات، لا سيما وهم مؤمنون بالنبوءة التي تتوقع نجاحه. يقرر (نيو) وحبيبته (ترينتي) مرافقة (مورفيوس) إلى الماتريكس لمحاولة الوصول إلى قلب النظام عن طريق صانع المفاتيح. في الوقت ذاته ينجو العميل (سميث) من الإلغاء، ويصبح أكثر قوة عن ذي قبل، ويضع نصب عينه هدفًا أساسيًا هو ملاحقة (نيو).

يكتشف نيو (كيانو ريفز) أنه بطريقة ما قادر على استخدام قوته في العالم الحقيقي، وأن عقله باستطاعته التحرر من جسده؛ ولذلك يجد نفسه إذ فجاة محاصرًا في محطة قطار ما بين العالم الحقيقي والماتركس. في أثناء كل هذا تستعد زيون (ريني ناوفاهو) لحرب شعواء ضد الماكينات رغم صعوبة فوز زيون بتلك الحرب. وبين هذا وذاك لا يعلم كلا الطرفين أن هناك طرفًا ثالثًا يسعى للقضاء على العالم كله.

تستيقظ (أليس) من غيبوبة لتجد أن أسوأ مخاوفها قد تحقق؛ حيث إن المرض الذي كافحت مع فرقة الجنود في محاولة السيطرة عليه، قد خرج من القاعدة وتفشي في المدينة المحيطة بها، ليحول سكانها من الموتى الأحياء والمتوحشين. كما تكتشف أنها من الأساس نتاج تجربة علمية ومحسنة وراثيا، مما يعطيها قدرات وقوة خاصة، فتحاول، بمساعدة قوة من البشر المتبقين، التصدي لهولاء الوحوش.