Филмът отразява със смразяващ реализъм трагедията, случила се в Политехническия университет на Монреал през декември 1989 година. Тогава по време на занимания психичноболен млад мъж влиза в класната стая с пушка в ръка. Той заповядва на мъжете да напуснат, а на жените да останат. След като нарежданията му са изпълнени, той стреля в тавана, за да покаже, че говори сериозно и казва, че мрази феминистките. Въпреки че момичетата отричат да са такива, той започва безразборна стрелба, при която убива някои от тях и ранява други. След това се придвижва през коридорите и другите класни стаи и след 20-минутна стрелба, чиято мишена са жени, се самоубива. Чрез многократни ретроспекции, сюжетът разказва за действията, мислите и чувствата на хората, свързани с трагедията...

Мистичният трилър повдига редица теологични и философски въпроси, без да им дава директен отговор. Действието се развива в манастир в Квебек. Младата монахиня сестра Агнес е обвинена в убийството на собственото си новородено дете, но тя не помни нищо - нито за зачеването, нито за раждането. Психиатърката доктор Марта Ливингстън пристига, за да определи дали монахинята е нормална или психично болна, светица или убийца. Игуменката на манастира майка Мириам има интерес подопечената й да бъде призната за невинна и е склонна да смята, че не става въпрос за психология, а за дело свише...