Hirugarren film honetan protagonistaren aita (hau ere arkeologoa) bahitu egiten dute Grial Santua bilatzen ari zen bitartean. Indiana Jonesek misio bikoitza dauka beraz: aita erreskatatzea eta Grial Santua aurkitzen saiatzea.
1935. Shanghai. Indiana Jones arkeologo ausartak hiriko taberna batean liskar larriak eduki ondoren, ihes egitea lortzen du bertako abeslari batekin eta honen lagun gaztearekin. Hegaldi zoro baten ondoren, Indian bukatuko dute eta bertako herrixka bateko biztanleei laguntzea erabakiko dute.
Asmatzaile batek Billy semeari izaki samur eta bitxia da oparitu dio, mogwai bat. Opari xalo hau, ordea, Estatu Batuetako herri txiki bateko gaiztakerien olatuaren jatorria izango da. Mogwai bat zaintzeko oinarrizko hiru arauak hausten direnean hasten da dena: ez bustitzea, eguzkiaren argiak ez ematea, eta garrantzitsuena, gauerditik aurrera ezer ez jatea.
Bere zaintzailea hil ondoren, Gremlin atsegin bat laborategi batera eramango dute. Bertan aurreko jabe batekin egingo du topo, baina istripu baten ondorioz Gremlina busti egingo da, eta iratxo bihurriak ugaltzen hasiko dira, New York hiria arriskuan jarriz.