جان صبح در يک هتل ناشناس و عجيب تنها از خواب بر می خيزد. او حافظه اش را از دست داده و پليس نيز بخاطر يکسری جنايت که او هيچ چيزی در موردشان به ياد نمی آورد، در تعقيب اوست. زماني که او می کوشد تا گذشته اش را بخاطر آورد وارد يک دنيای زير زمينی می شود که توسط يکسری موجودات بسيار قدرتمند که به بيگانه مشهور هستند کنترل می شود. اين بيگانه ها دارای اين قدرت هستند که افراد را به خواب ببرند و شهر و اهالی آن را دچار تغيير کنند. اکنون جان بايستی راهی را برای متوقف کردن آنها قبل از اينکه کنترل ذهن وی را بدست گرفته و او را نابود کنند، پيدا کند.

در این فیلم که روایت متفاوتی از داستان مرد عنکبوتی است، «پیتر پارکر» (اندرو گارفیلد) مدارکی را به‌دست می‌آورد که ممکن است به کمک آن‌ها بتواند دریابد که پدر و مادرش چگونه در زمان کودکی او ناپدید شده‌اند. او در همین راه با دکتر «کرت کانرز»، که شریک سابق پدرش بوده،‌ آشنا می‌شود...

ماموریت خواهر و برادر کورتز برای یک جزیره مرموز تعیین می شود، که در آن یک دانشمند ژنتیک و مجموعه ای از بچه های جاسوس رقیب روبرو می شوند.