No início dos anos 80, na antiga RDA, o bem sucedido dramaturgo Georg, e a sua companheira de muitos anos Christa, uma famosa actriz, são duas das grandes estrelas intelectuais do estado socialista, apesar de, em privado, não concordarem com tudo o que o partido faz. O Ministro da Cultura que começa a interessar-se por Christa, manda um agente secreto espiar o casal. O agente encarregue da tarefa começa a interessar-se profundamente na vida do casal.

Max é um homem brilhante e atormentado, que está prestes a fazer a mais importante descoberta de sua vida: decodificar o padrão numérico por trás do mercado de ações. À medida que vai se aproximando da solução, o caos vai engolindo o mundo à sua volta. Ele é perseguido por uma agressiva firma de Wall Street determinada à dominação financeira, bem como por uma seita que tem a intenção de desvendar os segredos por trás de seus antigos textos sagrados.

As máquinas estão a preparar o embate decisivo contra os humanos rebeldes e preparam-se para a invasão de Zion. Para muitos, a última esperança é a defesa da cidade até ao último homem. Porém, para Trinity, Morpheus e outros, é em Neo que reside a derradeira oportunidade para a raça humana. Assim, Neo e os tripulantes da nave de Morpheus partem em busca do "Chaveiro", um programa antigo que pode facilitar-lhes o acesso ao centro da Matrix, mas que está prisioneiro de outro programa, o francês Merovingian.

Após enfrentar os sentinelas no mundo real, Neo fica preso num local entre a Matrix e a realidade, enquanto Trinity e Morpheus o tentam ajudar a libertar-se no mundo real através da Oráculo. Após obterem sucesso no resgate, o trio divide-se: enquanto Morpheus parte rumo a Zion para ajudar no combate contra as máquinas, Neo e Trinity vão à cidadela das máquinas para contra-atacar.

Jimi, um designer de jogos de computador, descobre que seu mais recente produto tenha sido infectado por um vírus que tem dado consciência para o personagem principal do jogo, Solo. Atormentado pela memória de sua namorada fugiu Lisa e implorou por Solo para acabar com sua vida "inútil", Jimi começa uma busca por pessoas que podem ajudá-lo a descobrir o que aconteceu com Lisa e excluir seu jogo antes de ser libertada.

Edward Wilson é um jovem brilhante, que se formou nas melhores universidades e se encaixa na elite da sociedade norte-americana. Tem tudo para ter um futuro brilhante, quando é chamado para a Inteligência Militar, nos anos quentes da Segunda Guerra Mundial. Pouco depois, acaba por ser seleccionado para o núcleo inicial da recém-criada CIA, o serviço de espionagem e inteligência dos Estados Unidos. Assumindo cada vez mais relevância no serviço, ele esquece a sua vida pessoal decepcionante, presa a um casamento que nunca funcionou e a um filho que nunca quis ter, muito embora o proteja carinhosamente. Mas quando uma operação em Cuba falha desastrosamente, ele precisa de encontrar quem foi o responsável, sob pena de passar por culpado aos olhos dos seus superiores.

Na década de 80 seis amigos ocuparam um prédio na Alemanha, desafiando as autoridades locais. 15 anos depois eles mudaram bastante, com alguns nem lembrando seu passado de anarquia. Porém, quando uma bomba caseira por eles colocada em uma mansão abandonada em 1987 apenas agora explode, eles precisam se reunir novamente para evitar que a polícia local descubram que são eles os responsáveis pelo ato.

Três amigos estão em uma viagem pelo sudoeste americano à procura de um gênio da computação, que conseguiu invadir os computadores do MIT e expôr uma série de falhas de segurança. Eles acabam indo parar em uma área isolada, onde, de repente, tudo fica escuro. Quando Nic (Brenton Thwaites) enfim desperta, logo percebe que está em meio a um pesadelo.

Assim como no primeiro, oito pessoas acordam dentro de um labirinto em cubos, sem se conhecerem, saber onde estão e muito menos o porquê. Aos poucos, eles vão descobrindo o funcionamento do local, os seus perigos e procurando uma forma de sair de lá.