فيلم إثارة نفسية حول صبي يبلغ من العمر ثماني سنوات يُدعى كول سير يعتقد أنه يستطيع رؤية عالم الموتى. يأتي طبيب نفساني للأطفال يُدعى مالكولم كرو إلى كول لمساعدته في التعامل مع مشكلته ، متعلمًا أنه يستطيع حقًا رؤية أشباح الموتى.
تعيش عائلة فريلينج في منزل عائلي بحي هادئ، تتواصل ابنتهم كارول مع قوى خارقة عبر موجة ميتة تبث على التلفاز، تظهر كائنات غامضة كأشباح لطيفة غير ضارة في المنزل، ويقومون في البداية ببعض الحيل والألعاب اللطيفة ولكن الكائنات تظهر غضبها وتروع أفراد العائلة بالأشجار الغاضبة والدمى القاتلة، وحبس الطفلة كارول بداخل خزانة ملابسها لتكتشف أن بداخل الخزانة مدخلا سريا للعالم الذي جاءت منه الأشباح.
يصبح (نيو) آخر آمال البشر، فهو الوحيد القادر على فعل المعجزات، ويحاول (نيو) أن ينقذ مدينة زيون التي سوف تقع قريبًا تحت حصار الآلات. يضع الجميع بقيادة (مورفيوس) ثقتهم الكاملة في (نيو)، ويعلقون عليه الآمال بإنهاء الحرب مع الآلات، لا سيما وهم مؤمنون بالنبوءة التي تتوقع نجاحه. يقرر (نيو) وحبيبته (ترينتي) مرافقة (مورفيوس) إلى الماتريكس لمحاولة الوصول إلى قلب النظام عن طريق صانع المفاتيح. في الوقت ذاته ينجو العميل (سميث) من الإلغاء، ويصبح أكثر قوة عن ذي قبل، ويضع نصب عينه هدفًا أساسيًا هو ملاحقة (نيو).
يكتشف نيو (كيانو ريفز) أنه بطريقة ما قادر على استخدام قوته في العالم الحقيقي، وأن عقله باستطاعته التحرر من جسده؛ ولذلك يجد نفسه إذ فجاة محاصرًا في محطة قطار ما بين العالم الحقيقي والماتركس. في أثناء كل هذا تستعد زيون (ريني ناوفاهو) لحرب شعواء ضد الماكينات رغم صعوبة فوز زيون بتلك الحرب. وبين هذا وذاك لا يعلم كلا الطرفين أن هناك طرفًا ثالثًا يسعى للقضاء على العالم كله.