השנה היא 2029 ורוב המוטאנטים נעלמו מן העולם. לוגאן המבודד מעביר את ימיו בשתייה במקום מסתור על גבול מקסיקו ועובד כנהג להשכיר. החברה היחידה שיש לו הם מנודים נוספים ופרופסור אקסבייר החולה, אשר סובל מהתקפים. ניסיונותיו של לוגאן להסתתר מן העולם ומעצמו מסתיימים בפתאומיות כאשר אישה מסתורית מופיעה עם בקשה דחופה – על לוגאן לשמור על ילדה יוצאת דופן ולהביא אותה למקום מבטחים. לוגאן מוצא את עצמו שולף את הטפרים שלו שוב ונאלץ להתמודד מול כוחות אפלים ונבל מעברו ויוצא למשימה אשר תחזיר אותו למסלול להגשים את ייעודו.

העלילה עוקבת אחרי זוג יתומים השולטים בעיר - פשוט כך. מעיפים כל אחד שלא נראה להם, לא משנה בן כמה הוא, מי הוא, בריון, פושע... כולם בעיר מכירים אותם ואת כוחם הלא מוסבר.

על פי אגדה אורבנית שמתרוצצת לאחרונה בטוקיו, אם תתפרסם בקשה מיוחדת באתר "שאל את הגנב" כנגד אדם מסויים, "גנבי הרפאים של הלבבות" יגנבו את הלב של אותו אדם, יגרמו לו להתחרט על מעשיו ובכך יביאו את הצדק על פשעיו. קאזומה מאקיגאמי הוא גנב בלילות, אבל הוא מתחיל להתחרט על הפשעים שעשה ועל שותפיו לפשע. ​מכיוון שהוא לא מסוגל להתמודד עמם, הוא שולח בקשה ב"שאל את הגנב".

העלילה מתרחשת שבע שנים לאחר שממשלת ארה"ב השמידה את העיר רקון לאחר שהזומבי הראשון יצא החוצה ממעבדות "אמברלה". הסרט עוקב אחר סגירתו של שדה התעופה בעקבות התפרצותו המחודשת של הוירוס בשדה התעופה ומאבקם של הלוחמים בזמומבים על מנת למנוע את התפשטת הווירוס לשאר חלקי ארה"ב.

הסיפור מתרחש בשנת 2016, בסופו של עידן בו הקסם עדיין בעל השפעה חזקה בעולם. ארגון הבטחון וההשרדות של האנושות קאלדאה הוקם על מנת להתבונן על העולם שניתן לראותו רק באמצעות קסם ועל העולם שניתן לראותו רק באמצעות מדע, וכמו כן למנוע את ההכחדה הסופית של המין האנושי. הודות למאמציהם של חוקרים רבים, הדרך של ההיסטוריה האנושית כבר הובטחה עבור 100 שנים אל תוך העתיד. עם זאת, ללא כל אזהרה מוקדמת, מרחב העתיד שהיה תחת מעקב מתמיד של קאלדאה נעלם. האפשרות להכחדה של המין האנושי בשנת 2017 נצפתה בתור: "לא מאושר". הגורם לכאורה של ההכחדה הייתה בעיר היפנית פויוקי בשנת 2004. בעיר הזאת, הופיעה "יחידה מרחבית שלא נצפתה" שלא היתה ולא נבראה עד עכשיו. קאלדאה נתנה את הצו הגדול עבור "משלחת הגביע הקדוש", על מנת לחקור, לחשוף ואולי גם להרוס את היחידות המרביותשכנראה יגרמו להכחדה של המין האנושי.

דייוויס אוקוי חולק קשר בלתי מעורער עם ג'ורג', גורילה חכם וחברותי שנמצא בטיפולו מאז הלידה. אבל ניסוי גנטי שהשתבש משנה את הקוף העדין ליצור פרא בגודל עצום. אם זה לא מספיק נורא, יצורים מסוכנים יותר מתחילים לחוות אותם שינויים ויוצאים למסע שמד ברחבי אמריקה. אוקוי בעזרתה של מדענית גנטית יוצאים למסע בחיפוש אחר נוגדן שיציל את המצב.

סרט ההמשך לסרט הקודם 'לבד בחשיכה'. . מקס פייטמאסטר הוא אדם עצבני שמאמין שאנשים לא אוהבים אותו בגלל שהוא עצבני. חייזרים חטפו את הכלב שלו והם הולכים לשלם על זה. חמוש בחרב הוא יוצא למסע נקמה.

פושע (דומיניק פרסל) חוטף את שתי בנותיו של איש עסקים מקומי ומוצא עצמו בימי הביניים ומגלה כי הוא האיש אשר עתיד להציל את הממלכה הקדומה במלחמת הקיום שלהם.