코스타리카 서해안의 한 섬에 세워진 테마 파크 쥬라기 공원. 최신 복제 기술로 살아난 공룡들이 활보하는 이곳에 공룡학자를 비롯한 각계의 전문가가 일반 공개에 앞서 정밀 안전 진단을 위한 투어에 나선다. 그러나 최첨단 컴퓨터 시스템으로 철저히 통제되고 있는 공룡들이 예기치 않은 사고로 폭주하게 되고, 여기에 설상가상으로 태풍까지 몰려오면서 일행들의 투어는 순식간에 생존을 위한 사투의 현장으로 뒤바뀌는데...

에베레트 율리시즈 맥길(Everett Ulysses McGill: 죠지 클루니 분)은 언변이 좋은 좀도둑으로 미시시피강가 감옥에서의 중노동을 견뎌 내지 못한다. 더 이상 감옥에서 썩을 수 없다고 마음먹은 그는 두 명의 덜 떨어진 죄수인 다정하지만 단순한 델마(Delmar O'Donnel: 팀 블레이크 넬슨 분)와 부적응자 피트(Pete Hogwallop: 존 터투로 분)를 꼬셔 도망을 친다. 여전히 수갑을 차고 있지만 더 이상 잃을 것이 없는 이들은 자유와 숨겨진 보물을 찾아 여행을 떠난다. 그러나 이들 뒤에는 이 삼인조를 다시 감옥으로 되돌려 보내고자 결심한 베일에 싸인 영리한 검사 쿨리(Sheriff Cooley: 다니엘 본 바겐 분)가 뒤따르고 있다.

1935년 상해. 인디아나 존스는 클럽에서 가수 윌리스 코트의 노래를 들으며 그녀의 정부이자 상해 범죄 조직의 두목 라오치와 밀담을 나누는 중이다. 인디아나는 누루하치 황제의 위패를 압수했으나 라오의 배신으로 목숨만 부지한 채 클럽을 탈출한다. 인디아나는 이곳에서 알게 된 쇼트 라운드와 윌리를 데리고 화물 비행기를 차지만, 라오의 조직원이었던 조종사들은 연료를 버리고 탈출해버린다. 극적으로 살아남은 세 사람이 떨어진 곳은 인도. 이곳 사람들은 인디아나 일행을 하늘이 보내준 사람이라 생각하고 마을의 아이들을 잡아가고 약탈을 일삼는 이들을 처치해 달라고 하는데...

낭만적인 성격의 소유자인 짐은 모험을 즐기는 용감한 청년이다. 이런 짐 앞에 우연히 전설적인 해적 플린트 선장의 비밀스런 보물지도가 손아귀에 들어온다. 이 오래된 지도는 플린트 선장이 숨겨둔 보물을 찾을 수 있는 길이 표시돼 있는데, 정작 보물은 대양에서 사라진 한 섬에 숨겨져 있다. 무모해 보이지만 짐과 친구들은 한번 시도해 보기로 하고, 아름다운 배에 몸을 싣고 항해에 나선다. 하지만 그들이 타고 있던 배에는 해적들도 함께 승선해 있는데, 알고 보니 옛 플린트 선장의 수하들이다.

쥬라기 공원이 폐쇄된 지 4년 후, 과거 DNA 추출로 공룡을 부활시켰던 해먼드 박사는 공원이 폐쇄된 후에도 그 섬에서 조금 떨어져 있는 섬의 B 구역이라는 공룡 생산공장을 두고 있었다. 그러던 중 휴양을 떠났던 관광객들이 어느날 공룡의 습격으로 사고를 당하면서 이 섬에 관심이 집중된다. 해먼드에 의해 B 구역에 공룡생산공장이 있다는 놀라운 소식을 들은 말콤 박사는 사고 탐사 목적으로 파견된 여자 친구를 찾기 위해 섬으로 떠난다.

링컨 대통령 암살범 존 윌커스 부스의 일기장에서 사라진 부분이 발견되면서, 벤의 고조부는 에이브러햄 링컨 암살의 공모자라는 누명을 쓰게 된다. 고조부의 무죄를 증명해야 하는 벤은 전세계에 퍼져 있는 실마리를 쫓아 파리와 런던, 미국 전역을 누빈다. 이 여행을 통해 벤과 동료들은 놀랍게도 뜻밖의 사실을 알게 되고, 세계에서 가장 귀중한 비밀의 실마리를 얻게 되는데...

밸로시렙터의 언어 능력을 연구하고 있는 그랜트 박사는 연구비 조달에 어려움을 겪는다. 어느 날 공룡이 살고 있는 이슬라 소르나 섬의 가이드를 해준다면 연구비를 조달하겠다는 재벌 커비 부부가 찾아온다. 아직도 끔찍했던 쥬라기 공원의 기억을 가지고 있지만 연구비 때문에 어쩔 수 없이 다시 이슬라 소르나 섬을 찾는다. 하지만 섬에 도착하자마자 공포가 닥치고, 그들은 연구소에서 비밀리에 붙여두었던 새로운 공룡들을 피해 필사의 탈출을 시도하는데...

화물 수송용 경비행기 조종사인 퀸(해리슨 포드)과 뉴욕의 잡지사 "대즐"의 부편집장인 로빈(앤 헤이치)은 퀸의 비행기를 타고 6박 7일의 여행을 떠난다. 갑자기 잡지의 표지 사진을 받기 위해 타히티로 가야했던 로빈이 또한번 퀸의 도움을 받는다. 타히티로 가던 중 악천후로 비행기가 마카티와 타히티 중간 지점의 무인도에 불시착한다. 게다가 해적과 만나 죽을 고비를 넘기고, 퀸은 2차 대전 당시 추락한 일본군 비행기 잔해를 발견하고 연료통을 분리해 자신의 경비행기에 부착해 탈출을 시도하는데...

냉전이 최고조에 다다른 1957년. 인디아나 존스는 친한 동료 맥과 함께 소련의 한 비행장에서 목숨을 위협하는 소련 특수부대 이리나 스팔코 일당의 추격을 피해 힘겹게 탈출한다. 일상으로 돌아간 인디아나 존스는 대학에서 고고학 강의를 하며 평범하게 지내고 싶어하지만 소련에서의 탈출 사건과 고고학 연구에 관련해 자신의 교수직을 해고하려는 정부의 또 다른 압력이 있다는 것을 알게 된다. 어쩔 수 없이 모든 것을 정리하고 대학을 떠나려던 찰나, 그의 앞에 반항기 가득한 청년 머트 윌리암스가 나타나는데...

해적선 모닝스타호, 갈색 머리의 미녀 모건은 선장인 아버지로부터 그의 목숨과 맞바꾼 보물 지도 한 장을 물려 받는다. 아버지는 자신의 이복형이자 악명 높은 해적선장 덕 브라운에게 목숨을 잃고 마나, 딸에게 두피에 새겨 두었던 보물 지도와 모닝스타호를 유산으로 남긴 것이다. 아버지의 뒤를 이어 선장이 된 모건은 지도에 쓰여진 라틴 문자를 해독할 수 있는 사람을 찾기 위해서 섬에 상륙한다. 노예 시장에 변장을 하고 나타난 모건은 노예로 팔려나온 사기꾼 쇼를 사들인다. 그 순간 곳곳에 나붙은 그녀의 현상수배 벽보 때문에 정체가 들통나자 군대에게 추격을 받고 모건 일행은 구사일생으로 그 곳을 도망쳐 나온다. 세 장의 지도가 모여야 비로소 완전한 보물 지도를 완성할 수 있는 상황에서 모건은 아버지를 몰아낸 악명높은 해적선장 덕에게 살해당할 위기를 맞게 되고, 그 때 약삭빠른 쇼는 보물을 찾는데 결정적인 단서가 될 두 번째 지도를 찾아 낸다.

아버지가 죽은 충격으로 무인도에서 재활치유를 받게 된 토비. 아무도 없는 줄만 알았던 섬에서 의문의 16세 소녀 마들렌을 만나게 되고 서로 교감을 나누게 된다. 무인도 마지막 날, 데리러 온 선생님이 갑작스레 죽음을 맞고 꼼짝없이 섬에 갖혀 버린 토비! 그런 중 마들렌이 숨기고 있던 진실이 서서히 드러난다.