Den andre av to kinoutgivelser følger opp Neon Genesis Evangelion serien. Denne finalen består av to alternative episoder som først var ment å ta plassen for episodene 25 og 26, og svarer på mange av spørsmålene rundt serien, samtidig som den åpner for noen nye muligheter.

I en nærliggende fremtid, har den slitne Logan påtatt seg omsorgen for en skrantende Professor X fra et skjulested ved den mexikanske grensen. Men Logans forsøk på å gjemme seg fra samfunnet blir problematisk når han krysser vei med en ung mutant som blir forfulgt av mørke krefter.

Det er år 2017, samfunnet er ute av kontroll - og kjærligheten er forlengst borte. Kvinner og menn ser ikke lenger på hverandre som aktuelle partnere. Avanserte kjærlighets-roboter (androider) har overtatt denne delen av tilværelsen. Den beste roboten av denne typen heter Cherry 2000. Den er blond, veldreid og vakker og designet som en kvinne for å gjøre en eneste ting: tilfredsstille sin herre. Sam Tradwell er den heldige eier av Cherry 2000, men en dag kortslutter maskinen mens han bruker den i et øyeblikks ukontrollert og vill elskov på kjøkkengulvet. Sam er overveldet over tapet, og gjør alt han kan for å skaffe til veie vanskelig tilgjengelige reservedeler. Til å hjelpe seg med å spore opp disse, får han hjelp av en kvinne - E. Johnson. Underveis i jakten på deler til androiden, blir Sam og Johnson knyttet sammen gjennom en rekke dramatiske situasjoner. Hun er en levende kvinne, og følelsene til Sam blir dratt mellom henne og Cherry 2000.