מציאותה של מימה, כוכבת פופ לשעבר שמתחילה בקריירת משחק, מתחילה להתערער כשמעריץ אובססיבי מתחיל לעקוב אחריה וכשרוח של דמות העבר שלה מתחילה לרדוף אותה.
כשפאזו, שוליית מהנדס, מביא את ארוחת הערב של אדונו אל המכרה, נוחתת בידיו נערה חסרת הכרה מהשמיים. נערה זו, שיטה, ותליון אבן הריחוף שלה, מחזיקים במפתח לטירה מרחפת מסתורית ודמיונית הידועה בשם לפוטה. שיטה ופאזו חייבים להימלט גם משודדי האויר שרוצים את האוצר האגדי של הממלכה המרחפת, וגם מהצבא המובל ע"י סוכן ממשלתי בעל תכניות מסתוריות משלו ללפוטה.
"שליט הבובות" המסתורי חודר למוחותיהם של בני אדם והופך אותם למריונטות חסרות ישע. יחידה קרבית בהנהגתה של ההומנואידית היפה קוסנאגי יוצאת למאבק מול הרשע. מסתבר כי מדובר בסוכן חשאי וירטואלי שפותח ע"י משרד החוץ ויצא מכלל שליטה. כשהמרגל שמתגלה ברשת המחשבים מציע לקוסנאגי להתמזג איתו, היא עומדת לפני ההכרעה החשובה של חייה.
אוטה - הזמרת האהובה ביותר בעולם. הקול שלה, איתו היא שרה תוך הסתרת זהותה האמיתית, תואר כ-"עולם אחר". היא תופיע בציבור בפעם הראשונה בהופעה חיה. כשהמקום מתמלא בכל מיני מעריצי אוטה - שודדי ים נרגשים, חיל הים צופה מקרוב וכובעי הקש בראשות לופי שפשוט באה ליהנות מההופעה הקולנית שלה - הקול שכל העולם חיכה לו עומד להדהד. הסיפור מתחיל בעובדה המזעזעת שהיא "הבת של שאנקס".
שנתיים אחרי שקלאוד וחבריו הצילו את העולם מידיו של ספירות', אזרחי הכוכב מתחילים לסבול ממחלה מוזרה, שנקראת "סיקון שוקוגון", או "גאוסטיגמה". הם מאמינים שהסיבה למחלה היא הגופות שנלחמו איתם והוחדרו אליהם שנתיים מוקדם יותר, בסוף "פיינל פנטזי 7". האשמה בליבו ורדוף מעברו, החייל לשעבר קלאוד סטרייפ מחליט לעזוב, להתבודד, ולחיות את חייו רחוק מכל חבריו, כאשר הוא ממשיך ב"שירות המשלוחים של סטרייפ", שהמטה שלה נמצא בר של טיפה לוקהארט, "גן העדן השביעי". הבר של טיפה משרת כבית יתומים לילדים שנגועים במחלה "גאוסטיגמה". טיפה שומרת על ביתו בת ה-6 של בארט, מרלין, כאשר הוא סורק את הפלנטה בכדי למצוא אנרגיה חלופית, במקום מאקו. יום אחד קלאוד מקבל טלפון מנשיא שינרה לשעבר, רופוס, המבקש ממנו עזרה והגנה מאדם מסתורי בשם קאדג'. בנתיים קאדג' ושני אחיו לוז ויאזו מחפשים אחרי "אימם", ג'נובה, והם מאמינים שקלאוד יודע איפה למצוא אותה, והם בדרך אליו. באותו זמן ווינסט משוטט בכוכב ואוסף חומר על קאדג' ותוכניתו, וקלאוד וחבריו חייבים להתאחד שוב בכדי להלחם באוייבים החדשים.
לויד מקבל פקודה להיות מוחלף במבצע סטריקס. הוא מחליט לעזור לאניה לזכות בתחרות הבישול באקדמית עדן על ידי הכנת המנה האהובה של המנהל - ולמנוע את החלפתו.