Evan on kärsinyt pienestä pojasta lähtien muistikatkoksista. Järkyttävät tapahtumat lapsuudessa ovat pyyhkiytyneet hänen mielestään. Nuorena miehenä Evan huomaa pystyvänsä liikkumaan ajassa ja haluaa palata lapsuuteensa korjaamaan rakkaimpaansa kohdistuneet rikokset. Muuttamalla yhden asian Evan kuitenkin muuttaa kaiken ja seuraukset ovat kohtalokkaat.
Planet Expressin henkilökunta (myös aluksi muita toruva professori myöhemmin itse) lähettää suojaamattomia tietoja internetiin ja tietämättään myy Planet Expressin alastomien muukalaisten valtaan. Nämä löytävät Fryn takapuolesta löytyvän Bender-tatuoinnin silmästä puhuttavan koodin aikamatkustukseen.
Aikakone perustuu H. G. Wellsin samannimiseen romaaniin (1895) ja sen tapahtumat alkavat uudenvuoden aattona 1899, kun seurue Georgen ystäviä kokoontuu illastamaan. George saapuu henkihievereissä verstaastaan ja kertoo lähes koko elokuvan kestävässä takautumassa tarinansa aikamatkasta. Kelkkaa muistuttavalla aikakoneellaan George liukuu ensin vuoteen 1917, kunnes päätyy uudelleen sodan ympäröimään maailmaan vuonna 1940. Tämän jälkeen aikakone hurahtaa tulevaisuuteen, vuoteen 1966, ja sielläkin riehuu sota - ydinsota. Täydellisestä katastrofista ihmiskunta on toipunut vasta vuonna 802701: se on kuitenkin jakaantunut kahtia, maan pinnalla eläviin elohin ja pimeydessä vaeltaviin morlokeihin. Morlokit eivät kutenkaan ole maan alle työnnettyjä työläisiä vaan riistäjiä, jotka ovat muuttaneet eloit tahdottomiksi kasveiksi. Aikakone kommentoi paratiisimyyttiä ja edistysuskoa - paratiisi näyttäytyy irvokkaana taantumuksena, josta puuttuu kehityksen edellyttämä haaste.
Bill ja Ted ovat idiootteja. Koulu on toisijainen asia ja bändi ensisijainen vaikkei osata edes soittaa. Koulu kuitenkin saa tarpeekseen ja uhkaus on seuraava: mikäli historian esitelmä ei mene läpi se on fudut ja sekös on kauheaa; sillä jos fudut tulee niin Bill lentää kuin leppäkeihäs kohti sotilaskoulua ja bändille ja ystävyydelle voidaan sanoa hyvästit. Onneksi pojat saapuu pelastamaan tulevaisuudesta mies nimeltä Rufus (Carlin), joka lahjoittaa pojille käyttöönsä aikakoneen. Seikkailu alkakoon!
Kaksi kinastelevaa veljestä sinkoutuvat kauas pimeään avaruuteen pelatessaan kotinsa kellarista löytämäänsä mysteeristä peliä. Ihmeellisellä matkallaan heidän mukaansa liittyy haaksirikkoutunut astronautti, ja veljesten on selviydyttävä meteorisateista, vihamielisistä, liskomaisista avaruusolennoista, rakettimoottorilla varustetusta raivopäisestä robotista ja galaksien välisestä avaruustaistelusta. Elleivät he selvitä peliä ja saavuta Zathura-planeettaa, he saattavat jäädä loppuiäkseen loukkuun ulkoavaruuteen.
Mikä on tehty, on tehty, eikä muuksi muutu. Vai miten on? Alexander Hartdegen aikoo päättäväisesti estää henkilökohtaisen tragedian, joka tapahtui neljä vuotta aikaisemmin. Hartdegen rakentaa uskomattoman koneen, joka kykenee liikuttamaan häntä läpi aikakausien.
Bill ja Ted ovat edelleenkin yhtä hölmöjä kuin viimeksikin (Billin ja Tedin uskomaton seikkailu, 1989) ja he soittavat yhä Wyld Stallyns -bändissään, yhdessä keskiaikaisten tyttöystäviensä Elizabethin ja Joannan kanssa. Villistä seikkailustaan huolimatta Bill ja Ted eivät olekaan sellaisia superjulkkiksia kuin olisivat kenties toivoneet ja yrittävät edelleen saada musiikkinsa kuuluviin. Tulevaisuudessa bändin breikkaus on kuitenkin mahdollinen ja paha De Nomolos ryhtyy juonittelemaan mullistaakseen maailman. Hän lähettää Billin ja Tedin robottikloonit menneisyyteen tappamaan todelliset Billin ja Tedin, jotta he eivät koskaan räjäyttäisi ihmiskunnan tajuntaa musiikillaan.
FBI-agentti yrittää värvätä Las Vegasissa asuvan viihdetaiteilijan Crisin avustajakseen estääkseen terroristien pommiattentaatin Los Angelesissa. Mies ei halua ottaa tehtävää vastaan ja päätyy yhteiselle pakomatkalle kuvankauniin Lizin kanssa.
Professori John Robinson ilmoittautuu perheensä kanssa Jupiter II -alusta varten tehtävää varten. Mutta avaruusalus on myös nousemassa tohtori Smithiin, jonka vihollisjoukot lähettävät sabotoimaan operaatiota. Tämä aiheuttaa tapauksen, josta avaruusalus vaeltaa tavoitteettomasti galaksien läpi.