Преживели у убиствима Гоустфејса остављају Вудсборо иза себе и започињу ново поглавље у Њујорку.

Откријте истину о томе где је тајна мисија започета. У свету који је пун тајни, Пингвини са Мадагаскара ће вам открити да је борба против зла заправо црно бела. У наизменичним акционим и комичним моментима, задаци ће их одвести широм света.