Scooby-Doo, Shaggy, Velma, Daphne og Fred samles nok en gang for å løse det mest fryktelig morsomme mysteriet i deres karrierer. Gjengen er på vei til en hjemsøkt øy i en sump for å undersøke spøkelset til piraten Moonscar.

I tretten nervepirrende dager i oktober 1962 sto verden på katastrofens rand. Over hele verden ventet folk i åndeløs spenning på utfallet av en uhyggelig politisk, diplomatisk og militær konflikt som truet med å ende i en apokalyptisk atomkrig mellom Amerikas Forente Stater og Sovjetunionen. En krig som bokstavelig talt kunne bety vår sivilisasjons undergang.