מיסיונר (ג'רמי איירונס) מקים כנסייה בג'ונגלים העוינים של ברזיל ומצליח להמיר את דתם של כמה מהמקומיים. רודריגו מנדוזה (רוברט דה נירו), חייל חסר-לב שהרג את אחיו, מצטרף לכנסייה של איירונס, מוצא בה הארה ומבקש להיות כומר. לאחר שרשויות הכנסייה מעבירות את טריטוריית הכנסייה לפורטוגזים, איירונס ודה נירו צריכים לשמר את אשר הקימו.
ג'ומנג'י הוא שם של לוח משחק עתיק מיוחד במינו שסיקרן את משתתפיו בגלל אופיו הקסום והקטלני כי אם אינכם מסיימים את המשחק, ג'ומנג'י משתלט על עולמכם. במהלך המשחק נשאב אלן לממלכת הג'ונגל למשך ה-26 שנים הבאות. פנטזיה עטורת אפקטים והרפתקאות מסמרות שיער.
החיים מתחילים לחזור לשגרה אחרי הסופה האחרונה שפקדה את העמק. מני ואלי עומדים להפוך בקרוב להורים. מני מחליט שהגיע הזמן להתבגר ולדאוג למשפחה החדשה שלו. סיד מקנא במני ומחליט שהגיע הזמן שגם הוא יהיה אבא. הוא מאמץ ביצה נשוטה שמתגלה כלא אחרת מאשר ביצת דינוזאור ונשאב יחד עם הביצה אל תוך העולם האפל של היצורים המפחידים. למזלו החברים שלו לא יוותרו עליו כל כך מהר. הם יוצאים להרפתקה בתקווה שיכלו למצוא את סיד ולהחזירו הביתה בשלום.
שלושה שחקנים הוליוודים מפורסמים, שכל אחד מהם בלתי נסבל בדרכו שלו. השלושה, שמשתתפים בסרט על מלחמת וייטנאם, מביאים לבמאי שלהם את הסעיף, עד שהוא הוגה את תוכנית הנקמה המושלמת: לזרוק אותם לג'ונגל מזרח-אסייתי ולראות מה קורה כשהם נתקלים בקבוצת לוחמי גרילה ונאלצים לשחק אותה רמבו על אמת.
אדם שוכר צייד-ראשים מלוס אנג'לס הנקרא בק, כדי שיצא לג'ונגל האמזון כדי שיחזיר לו את בנו הסורר, טראוויס המנהל חיי הרפתקאות בברזיל. לאחר שבק מוצא את טרוויס, האחרון מספר לו על תוכניתו לצאת לכרות זהב במכרות. השניים משתפים פעולה, ויחד יוצאים אל האלדורדו, שם הם פוגשים אישה מסתורית (רוסריו דוסון) ואת מנהיג הכפר תאב הבצע (כריסטופר וולקן).
מוגלי גדל עם להקת זאבים הודיים, מחונך בידי הדוב באלו והפנתר השחור באגירה ומרגיש בטוח עם חיות היער. אך ישנן סכנות ביער כמו הטיגריס הכועס שירחאן ואולי אף סכנות גדולות יותר, כאשר מוגלי מגלה את כפרם של בני האדם.
וויל פרל הוא האיש עם הכובע הצהוב, הג'נטלמן אשר אחריו עקב מאפריקה קוף קטן.ג'ורג הקוף הסקרן והמדהים שההתלהבות שלו מוציאה ממנו את הכי טוב ולפעמים מביאה אותו לתוצאות מצחיקות.
ג'ניפר לופז הפכה לכוכבת על בזכות (או למרות) השתתפותה בסרט האימים "אנקונדה" מה שכנראה גרם לכל השחקנים האלמונים להסכים ולהשתתף בסרט ההמשך.מי יודע, אולי אחד השמות הבלתי מזוהים מעלה יהפוך לשחקן/זמר/חביב טלבואידים סדרתי כמו הכוכבת שהיתה אלמונית בסרט הראשון. משלחת צעירה וחטובה של מדענים יוצאת לחפש אחר "סחלב הדמים" פרח שאמור להאריך את תוחלת החיים. לרוע מזלם, קבוצת נחשי אנקונדה הניזונים מהפרחים לא מתכוונת לוותר על המאגר הטבעי שהפך אותם למהירים וחכמים יותר.עכשיו המדענים צריכים להלחם על חייהם וזו משימה מאד קשה כאשר אתה תקוע ביערות הגשם.
זוג הרפתקנים יוצאים למסע הרפתקני בעקבות מטמון זהב.