Το θέμα της ταινίας είναι η επίθεση ενός ανεξήγητου τέρατος στο Μανχάταν της Νέας Υόρκης. Τα πλήθη φεύγουν μακριά από το επικίνδυνο κέντρο ενώ μια ομάδα νέων ανθρώπων διαλέγουν αντίθετη πορεία με σκοπό να διασώσουν μία φίλη που έχει παγιδευτεί σε ένα κτήριο κοντά στο τέρας.
Ο Άρθουρ Νεντ, εντελώς ανυποψίαστος βλέπει μια μέρα το σπίτι του στη βρετανική επαρχία να κατεδαφίζεται ενόψει της δημιουργίας μιας διαγαλαξιακής λεωφόρου που πρόκειται να αφανίσει και τον πλανήτη Γη. Σαν να μην έφτανε αυτό, ο κολλητός του, Φορντ Πέρφεκτ, αποδεικνύεται πως είναι εξωγήινος, τον βγάζει όμως από τα δύσκολα κάνοντας μαζί του οτοστόπ σε ένα διερχόμενο διαστημόπλοιο. Οι δυο τους θα βρεθούν να συνταξιδεύουν με τον Ζάφορντ, τον πρόεδρο του Διαστήματος, τη βοηθό του, την πανέμορφη Τρίλιαν, και το ρομπότ Μάρβιν που πάσχει από κατάθλιψη, προσπαθώντας να βρουν απαντήσεις στην ερώτηση για το αληθινό νόημα της ζωής.
To 2038, η Γη έχει καταστραφεί από μια εξωγήινη φυλή. Οι λίγοι επιζήσαντες θα μπορέσουν να σωθούν από την καταστροφή αν βρουν τον "Τιτάνα", ένα διαστημικό σκάφος, εφοδιασμένο με δείγματα από DNA όλων των πλασμάτων της γης. Ο Τιτάνας όμως βρίσκεται κρυμμένος κάπου στο διάστημα και ο μοναδικός που μπορεί να τον βρει είναι ο γιος του ανθρώπου που το κατασκεύασε.
Το σωστικό σκάφος της Ρίπλεϋ συντρίβεται στο Fiorina 161, έναν ξεχασμένο πλανήτη στις εγκαταστάσεις του οποίου ζουν πρώην κατάδικοι, που τώρα έχουν ασπασθεί μια παράξενη θρησκεία. Όμως η σμηναγός δεν είναι η μοναδική επιζώσα και ένας νέος κύκλος αίματος αρχίζει, όταν το γνωστό εξωγήινο ον εκκολάπτεται και σκορπά ξανά τον τρόμο.
Διακόσια χρόνια μετά την θυσία της Ρίπλεϋ στον πλανήτη Fiorina 161, οι επιστήμονες κατάφεραν να φτιάξουν τον κλώνο της, ο οποίος όμως περιέχει γονίδια από τη βασίλισσα των Άλιεν που μεγάλωνε μέσα της.
Μια ομάδα γυναικών εξαφανίζεται στα χιονισμένα βουνά της αγροτικής Βιρτζίνια. Τα μοναδικά στοιχεία της εξαφάνισής τους είναι κάποια περίεργα ανθρώπινα απομεινάρια πάνω στο χιόνι. Κι ενώ οι αστυνομικές αρχές δεν μπορούν να χειριστούν την υπόθεση, τα "οράματα" ενός ανυπόληπτου ιερέα, είναι αρκετά για να οδηγήσουν την τοπική αστυνομία μπροστά σε ένα περίεργο ιατρικό πείραμα, το οποίο άγνωστο είναι αν συνδέεται με την υπόθεση της εξαφάνισης των γυναικών. Οι πλέον κατάλληλοι για να αναλάβουν την υπόθεση είναι ο Fox Mulder (David Duchovny) και η dr. Dana Scully (Gillian Anderson), οι οποίοι αρχικά δεν είναι διατεθειμένοι να ξαναγυρίσουν στο σκοτεινό παρελθόν τους.
Ο νεαρός Άλεν Κλαρκ μετακομίζει με την οικογένεια του από το Σικάγο στο ήρεμο Κρέιντλ Μπέι. Πηγαίνοντας στο τοπικό σχολείο, θα επιλέξει τρεις φίλους: έναν αλμπίνο, έναν με μανία στις θεωρίες συνομωσίας και μια κοπέλα που γρήγορα θα γίνει το ερωτικό του ενδιαφέρον. Στο σχολείο, όμως, συμβαίνουν περίεργα γεγονότα που περιστρέφονται γύρω από μια αδελφότητα. Η αδελφότητα αυτή προβάλει την τέλεια εικόνα, αλλά η παρέα θα διερευνήσει το σκοτεινό μυστικό που κρύβεται πίσω από αυτήν.
Ένας Αρειανός, που προσγειώθηκε αναγκαστικά στη Γη, παίρνει ανθρώπινη μορφή και γίνεται συγκάτοικος ενός τηλεοπτικού παραγωγού, παριστάνοντας τον θείο του, μέχρι να επισκευάσει το διαστημόπλοιό του.