범죄와 부패, 탐욕의 도시 고담에 정체불명의 배트맨이 나타나 공포와 위협으로부터 시민들을 구한다. 모든 시민들은 배트맨의 활약상을 보면서 그에 대한 궁금증을 더해간다. 고담시의 모두가 배트맨에 대해 궁금해 하고 있을때 전쟁터에서 활약한 경험까지 있는 유능한 사진기자 비키 베일(킴 베이싱어)은 동료 기자와 함께 배트맨을 취재한다. 그러나 비키 앞에는 매력적인 의문의 백만장자 브루스 웨인(마이클 키튼)이 등장한다. 매력적이고 의문투성이인 이 젊은 부호는 점점 비키와 가까워지고 배트맨으로 인해 모습이 변해버린 악당 조커는 배트맨에게 복수를 다짐한다.

칠흑같이 어두운 밤, 비밀리에 활동하던 괴물 사냥꾼들이 어둠 밖으로 나온다. 그들은 불길한 기운을 풍기는 블러드스톤 사원에 모여, 기이하면서도 섬뜩한 방식으로 세상을 떠난 리더를 추모한다. 바로 강력한 유물을 놓고 벌이는 사냥꾼들 간의 목숨을 건 대결이었다. 그러나 유물을 놓고 싸우던 사냥꾼들 앞에 위험천만한 괴물이 나타난다.

배트맨은 고담시를 구하러 돌아와 이제까지 보지 못한 막강한 악당들과 대결하게 된다. 천재적인 두뇌를 가진 복수의 화신 펭귄맨과 부도덕한 백만장자 사업가 맥스 슈렉이 그 장본인들. 펭귄맨은 충성스러운 펭귄 군단과 붉은 서커스단을 동원, 고담시와 고담시의 수호신 배트맨을 없애려 한다. 그러나 배트맨에게 더 큰 위협을 주는 존재는 신비하고 매력적이지만, 몹시 위험한 캣우먼의 도전이다. 배트맨처럼 아픈 과거를 간직한 캣우먼은 막강한 파워, 지성, 그리고 신비스러운 비밀을 가지고 배트맨에게 접근하고, 배트맨과 캣우먼은 서로 묘한 감정을 느낀다.