Η Ούτα, είναι η πιο αγαπητή τραγουδίστρια στον κόσμο. Η φωνή με την οποία τραγουδάει, ενώ παράλληλα κρύβει την αληθινή της ταυτότητα, έχει χαρακτηριστεί ως "μαγευτική". Θα εμφανιστεί δημόσια για πρώτη φορά, δίνοντας μια ζωντανή συναυλία. Καθώς το στάδιο γεμίζει με διάφορους fans της, το Ναυτικό που παρακολουθεί στενά και τους Straw Hat που με αρχηγό τον Λούφυ ήρθαν απλά για να απολαύσουν την ερμηνεία της – η φωνή για την οποία όλοι ανυπομονούν, πρόκειται να ακουστεί ξανά.
Κατά την διάρκεια του Β Παγκοσμίου Πολέμου, σε ένα νοσοκομείο στην Ιταλία, μια νοσοκόμα φροντίζει έναν ασθενή ο οποίος έχει εκτεταμένα εγκαύματα σε όλο του το σώμα αποτέλεσμα της πτώσης του αεροσκάφους του. Ο ίδιος δεν θυμάται το όνομά του και είναι γνωστός ως "'Άγγλος ασθενής". 'Όταν το νοσοκομείο πρέπει να εκκενωθεί, ο ασθενής μαζί με την νοσοκόμα μεταφέρονται σε ένα μοναστήρι, καθώς η κατάστασή του δεν του επιτρέπει να μετακινηθεί μακριά. Εκεί η νοσοκόμα προσπαθεί να συνθέσει το παζλ της ζωής του μυστηριώδους ασθενούς, από τις σκόρπιες μνήμες που σταδιακά θυμάται και εξιστορεί...
Η ιστορία εξελίσσεται δύο χρόνια μετά το τέλος του παιχνιδιού. Μια ασθένεια ονόματι "Geostigma" μαστίζει τον κόσμο. Ο κεντρικός ήρωας, Cloud Strife, θα πρέπει να αντιμετωπίσει τρεις μυστηριώδεις άνδρες που απαγάγουν μικρά παιδιά και τους κάνουν πλύση εγκεφάλου. Στο πλευρό του θα σταθεί η Tifa Lockhart, η οποία είναι πλέον ιδιοκτήτρια ορφανοτροφείου και φυσικά και άλλοι χαρακτήρες από το final fantasy VII όπως ο Vincent Valentine.
Ένας ιππότης στα 1500 προσπαθεί να ανακαλύψει το δέντρο της ζωής στα εδάφη της Νέας Ισπανίας, ύστερα από προτροπή της βασίλισσάς του. Ένας μοναχικός άνδρας, κάπου στα 2500, σε ένα γυάλινο θόλο στο διάστημα, με μοναδική συντροφιά ένα δέντρο που αργοπεθαίνει και τις μνήμες του παρελθόντος. Ένας επίμονος χειρουργός που προσπαθεί να σώσει τη σύζυγό του στη μάχη της με τον καρκίνο πειραματιζόμενος με νέες θεραπείες κάπου ανάμεσα στις δυο παραπάνω χρονικές περιόδους. Και ένα βιβλίο με τίτλο 'The Fountain' που μπορεί να περιέχει τις απαντήσεις για όλα τα ερωτήματα σχετικά με τη ζωή και τον θάνατο, την ελπίδα και την λύτρωση, την φαντασία και την πραγματικότητα.