Ένας γιατρός, βουλευτής της Αριστεράς, δολοφονείται μετά την ομιλία του για τον πυρηνικό αφοπλισμό και την παγκόσμια ειρήνη. Ο εισαγγελέας που αναλαμβάνει την υπόθεση ξεσκεπάζει τους φυσικούς και ηθικούς αυτουργούς, αγγίζοντας το βαθύ κρατικό μηχανισμό. Η ταινία βασίστηκε στην ομώνυμη μυθοπλαστική επεξεργασία του Βασίλη Βασιλικού της δολοφονίας του βουλευτή της ΕΔΑ, Γρηγόρη Λαμπράκη, τον Μάιο του 1963 και την αναζήτηση των ενόχων από τον ανακριτή Χρήστο Σαρτζετάκη, μετέπειτα πρόεδρο της Ελληνικής Δημοκρατίας.
Ένας εισαγγελέας της Νέας Ορλεάνης, ο Τζιμ Γκάρισον, αποφασίζει να ερευνήσει μόνος του την δολοφονία του Τζον Κένεντι, καθώς υποψιάζεται πως υπάρχουν πολύ περισσότερα κρυμμένα από την επίσημη εκδοχή που παρουσίασε το FBI. Από τις πρώτες του κιόλας αποκαλύψεις, η δική του ζωή αλλά και των ανθρώπων του βρίσκεται σε κίνδυνο.
Ο Bourne το μόνο που θέλει είναι να εξαφανιστεί, βρίσκεται όμως κυνηγημένος από τους ανθρώπους που τον δημιούργησαν. Έχοντας χάσει τη μνήμη του κι έχοντας να αντιμετωπίσει μία νέα γενιά εκπαιδευμένων δολοφόνων, έχει μία μόνο επιλογή, να ψάξει ο ίδιος και να μάθει το άγνωστο παρελθόν του.
Ένας βιβλιοφάγος ερευνητής της CIA βρίσκει όλους τους συναδέλφους του νεκρούς και θα πρέπει να ξεγελάσει τους υπεύθυνους ωσότου βρει ποιους μπορεί πραγματικά να εμπιστευθεί.
Μια μυστική ομάδα πρακτόρων αναλαμβάνει να εμποδίσει έναν άλλο πράκτορα από το να ανακαλύψει και να πουλήσει μια άκρως μυστική λίστα κατασκόπων της ΣΙΑ. Ωστόσο, η αποστολή αποτυγχάνει καθώς κάποιος φαίνεται να τους έχει στήσει παγίδα και όλοι πεθαίνουν εκτός από τον Ίθαν Χάντ και μια κοπέλα. Ενώνοντας τις δυνάμεις τους και προσλαμβάνοντας και άλλους δύο «συναδέλφους» τους, προσπαθούν τώρα να πάρουν και να πουλήσουν τη λίστα και συγχρόνως να ανακαλύψουν ποιος τους πρόδωσε. Η περιπέτεια ξεκινάει και όλοι μπλέκονται σε ένα ατελείωτο παιχνίδι ζωής και θανάτου, φθοράς κι αφθαρσίας, φιλίας και προδοσίας.
Ο Νέιθαν Μιουρ (Ρέντφορντ) είναι πράκτορας της CIA. Ένα πρωινό, μόλις μερικές μέρες πριν συνταξιοδοτηθεί, μαθαίνει ότι ο συνεργάτης και φίλος του Τομ Μπίσοπ (Πιτ) κρατείται αιχμάλωτος από την Κινεζική κυβέρνηση και ότι διατρέχει μεγάλο κίνδυνο. Η διάσωση του Μπίσοπ δεν είναι εύκολη υπόθεση μιάς και συνελήφθη κατά την διάρκεια αποστολής που δεν είχε έγκριση της Αμερικάνικης κυβέρνησης. Αυτό σημαίνει ότι η CIA και οι ΗΠΑ δεν πρόκειται να αναμιχθούν, κάνοντας τoν Νέιθαν την μοναδική ελπίδα του Μπίσοπ. Η ταινία παρουσιάζει τις ενέργειες του Νέιθαν για να σώσει τον φίλο του, και παράλληλα μας μεταφέρει στο παρελθόν μέσω αναπολήσεων, περιγράφοντας τη σχέση μεταξύ των δυο πρακτόρων.
Έχοντας αποτραβηχτεί για μεγάλο χρονικό διάστημα από τις ριψοκίνδυνες αποστολές της IMF, απολαμβάνοντας την ηρεμία και την γαλήνη στο πλάι της αγαπημένης του συντρόφου Τζούλια, ο δυναμικός πράκτορας Ίθαν Χαντ, επιστρέφει στην ενεργό δράση προκειμένου να σώσει την προστατευόμενη του στην υπηρεσία, Λίντσει από τα νύχια ενός παρανοϊκού μαφιόζου. Απρόσμενα η επιχείρηση δεν θα στεφθεί από επιτυχία, γεγονός που θα πεισμώσει ακόμη περισσότερο τον Χαντ, ώστε να ανακαλύψει τα ίχνη του δολοφόνου της καλής του φίλης, του Όουεν Ντέβιαν, ενός κυνικού επιχειρηματία - στυγνού εγκληματία, με διασυνδέσεις στα υψηλά πολιτικά και παραστρατιωτικά κλιμάκια.
Ο ρεπόρτερ Γκάρι Γουέμπ έχει στα χέρια του ένα θέμα εθνικής ασφάλειας, κατά το οποίο αποδεικνύεται ότι η ΣΙΑ όπλιζε τον στρατό των Κόντρας στη Νικαράγουα, με χρήματα που έβγαζε από βαρόνους ναρκωτικών που εισάγανε κοκαΐνη στην Καλιφόρνια. Ο Γουέμπ αποφασίζει να σκάψει ακόμα πιο βαθιά στην υπόθεση, αλλά γρήγορα γίνεται στόχος όχι μόνο η καριέρα του, αλλά και η ζωή αυτού και της οικογένειας του.
Μια πρώην μπαλαρίνα των Μπολσόι μετατρέπεται σε μυστική πράκτορα με σκοπό να αντλήσει πληροφορίες από έναν κατάσκοπο της CIA.
Ο Μπερκ, βετεράνος πράκτορας της CIA, στρατολογεί και εκπαιδεύει στα μυστικά της υπηρεσίας τον Κλέιτον, ένα νεαρό κομπιουτερά, με τον οποίο αναπτύσσει αρχικά μια πατρική σχέση, για να τον βάλει στη συνέχεια σε ένα επικίνδυνο παιχνίδι διπλών πρακτόρων και προδοσίας. Υποτονικό κατασκοπικό θρίλερ, που θα μπορούσε να είναι και διαφημιστικό για την ένταξη νέων πρακτόρων στη CIA.
Όταν ένας ΑΙγύπτιος ύποπτος τρομοκρατίας "εξαφανίζεται" κατά την πτήση του από την Αφρική στην Ουάσινγκτον, η Αμερικανίδα σύζυγός του και ένας αναλυτής της CIA βρίσκονται μπλεγμένοι σε έναν αγώνα να τον απελευθερώσουν από μια μυστική βάση κράτησης κάπου έξω από τις ΗΠΑ.
Ο φόβος της Αμερικής για τον Ψυχρό πόλεμο αναζωπυρώνεται έπειτα από το θάνατο του Ρώσου Προέδρου και τη διαδοχή του από έναν άνθρωπο με μυστικό παρελθόν. Οι σχέσεις μεταξύ Ανατολής-Δύσης γίνονται ακόμη πιο δυσχερείς όταν η CIA αρχίζει να υποψιάζεται ότι αποστάτες Ρώσοι επιστήμονες αναπτύσσουν νέα πυρηνικά όπλα. Ο διευθυντής της CIA επιστρατεύει τον Τζακ Ράιαν, ο οποίος έπειτα από έρευνα καταλήγει στο εξής συγκλονιστικό συμπέρασμα: τρομοκράτες σχεδιάζουν να προκαλέσουν πόλεμο μεταξύ ΗΠΑ και Ρωσίας, ενεργοποιώντας μια πυρηνική βόμβα κατά τη διάρκεια ενός ποδοσφαιρικού αγώνα.
Η απόβαση στον Κόλπο των Χοίρων τον Απρίλιο του 1961 μόλις έχει καταλήξει σε φιάσκο για τους Αμερικανούς και τη C.I.A.. Ένα από τα ιδρυτικά στελέχη της οργάνωσης, ο Edward Wilson (Matt Damon) αρχίζει να νιώθει τη θέση του επισφαλή, ενώ φαίνεται πως εμπλέκεται και σε εσωτερικό οικονομικό σκάνδαλο. Οι αναδρομές που ξεκινούν το 1939, εποχή κατά την οποία ο Wilson ήταν ακόμα φοιτητής στο Yale, επιχειρούν να μας εντάξουν στην περίοδο και τις συνθήκες υπό τις οποίες συστάθηκε η C.I.A., η ισχυρότερη μυστική υπηρεσία του κόσμου. Η μύηση του νεαρού φοιτητή στην ελιτίστικη οργάνωση 'Scull & Bones', ο γάμος του με την Clover (Angelina Jolie), κόρη πλούσιας και ισχυρής οικογένειας, η στρατολόγησή του από τον στρατηγό Bill Sullivan (Robert De Niro) κι η ανερχόμενη πορεία του από τα χρόνια του Β' παγκοσμίου μέχρι εκείνα του ψυχρού πολέμου, έχουν στόχο να σκιαγραφήσουν την ιστορία των πρώτων δεκαετιών δράσης της οργάνωσης.
Ο πρακτορας της IMF Ethan Hunt (Tom Cruise) αναλαμβανει, συμφωνα με τη νεα του αποστολη, να βρει και να καταστρεψει ενα φονικο ιο με το ονομα "Χιμαιρα". Ετσι, θα ερθει αντιμετωπος με μια διεθνη ομαδα τρομοκρατων, αρχηγος της οποιας ειναι ενας πρωην πρακτορας της IMF, ο οποιος εχει στα χερια του και το αντιδοτο του ιου που εχει το ονομα "Βελερεφοντης". Στην προσπαθεια του να βρει τους τρομοκρατες ο Ethan Hunt θα συνεργαστει με την Nyah μια ικανη και ομορφη κλεφτρα... Υπο τις οδηγιες του "αφεντικου" του ( Antony Hopkins ) και με τα περιθωρια του χρονου να στενευουν ο Ethan Hunt θα πρεπει να παρει πισω η να καταστρεψει τον ιο πριν αυτος προκαλεσει τον ολεθρο.
Ο Πίτερ Ντεβερό, ένας πολύ καλά εκπαιδευμένος αλλά ταυτόχρονα εξαιρετικά επικίνδυνος πρώην πράκτορας της CIA, που έχει το κωδικό όνομα «The November Man» πρέπει να επανέλθει στην ενεργό δράση για μια πολύ προσωπική αποστολή. Πρέπει να προστατέψει μια μάρτυρα, η οποία ετοιμάζεται να αποκαλύψει την αλήθεια για μια συνωμοσία, που είχε γίνει πριν από δέκα χρόνια.
Ένας πράκτορας της ΣΙΑ προσπαθεί να διεισδύσει στη σοβιετική αντικατασκοπεία για να σταματήσει μια δολοφονική συνωμοσία.