타노스는 6개의 인피니티 스톤을 획득해 신으로 군림하려 한다. 그것은 곧 인류의 절반을 학살해 우주의 균형을 맞추겠다는 뜻. 타노스는 닥터 스트레인지가 소유한 타임 스톤, 비전의 이마에 박혀 있는 마인드 스톤을 차지하기 위해 지구를 침략한다. 아이언맨과 스파이더맨은 가디언즈 오브 갤럭시의 멤버들과 타노스를 상대한다. 지구에선 캡틴 아메리카, 완다, 블랙 위도우, 블랙 팬서 등이 비전을 지키기 위해 뭉친다.

우주세기 0079년 1월 23일, 루움에서 지온 공국군과 지구 연방군의 전투가 시작된다. 지온군 에이스 파일럿 샤아 아즈나블은 월등한 전투력의 붉은색 모빌 슈트 ‘자크’로 엄청난 전과를 올리며 모두에게 ‘붉은 혜성’이라 불리게 된다. 한편, 지구 연방군은 “V작전”을 계획하고, 사이드 7에서는 아무로 레이가 신병기 “건담”의 비밀에 다가가지만...

때는 22세기. 인류는 워프기관을 완성시켜 속속 우주로 진출하는 중이다. 그 번영의 이면에는, 우주개척을 위해 온갖 위험하고 곤란한 일을 도맡아 하는 전문 청부업자들의 노력이 숨어 있다. 그들을 사람들은 '크러셔'라고 부른다. 고액의 보수를 요구하지만 절대 비합법적인 일은 맡지 않는 프로페셔널 집단. 그러한 크러셔들 가운데 특A급의 실력을 자랑하는 한 젊은이가 있었다. - 그 청년이야말로 영광스런 초기 크러셔의 영웅이며 현재 크러셔 평의회의 의장을 맡고 있는 크러셔 단의 아들, '크러셔 죠'인 것이다.

인류는 외계인의 침공에 맞서 승리했지만 핵을 사용한 대가로 지구는 죽음의 별이 되었다. 2077년 폐허가 된 지구상에 살아 있는 사람은 마지막 정찰병 잭 하퍼(톰 크루즈)와 그의 파트너 빅토리아(안드레아 라이즈보로)가 전부다. 두 사람의 임무는 지구에 남아 있는 외계인 잔당들로부터 발전탑을 지키고 있는 드론을 수리하고 관리하는 것. 2주 뒤면 임무를 마치고 귀환하기로 되어 있는 잭 하퍼의 앞에 어느 날 정체불명의 우주선이 추락한다. 잭은 그곳에서 자신도 기억하지 못하는 자신의 과거를 알고 있는 여인 줄리아(올가 쿠릴렌코)를 만나고, 이후 모든 것에 의문을 품기 시작한다.

리플리가 노스트로모호를 타고 에일리언과 접촉하기 30여년 전, 과학자 엘리자베스 쇼와 찰리 할러웨이가 스코틀랜드에서 선사시대 벽화를 발견한다. 이 벽화가 인류를 창조한 외계인들의 위치를 나타내는 지도라는 걸 깨달은 그들은 웨일랜드사가 꾸린 팀과 함께 탐사선 프로메테우스호를 타고 우주로 나아간다. 탐사대는 행성에 착륙하자마자 외계인들이 남긴 거대한 피라미드형 유적을 발견하고, 내부에서 죽은 외계인들의 시체와 마주친다. 엘리자베스는 죽은 외계인의 DNA가 인간의 것과 똑같다는 것을 밝혀내는데...

목성이 유난히 빛나던 밤, 태어난 주피터. 머나먼 은하의 별을 꿈꾸는 그녀의 현실은 이민자 가족들과 청소업을 하는 비루함뿐이다. 그러나 스카이 재커 케인이 주피터를 찾아 지구에 오면서 모든 운명이 달라진다. 주피터는 사실 자신이 지구의 주인이며 또한 인간은 아브라삭스 가문이 키우는 농작물 같은 존재라는 것을 알게 되는데…