Το 1939, τις τελευταίες μέρες του εμφυλίου πολέμου στην Ισπανία, ένας 10χρονος βρίσκεται σ' ένα ορφανοτροφείο που το διευθύνει ένας Αργεντινός γιατρός και μια Αριστερή δασκάλα. Το πρόβλημα είναι ότι ανάμεσα στα παιδιά κυκλοφορεί ένα φάντασμα.
Ένα ζευγάρι γιατρών βλέπουν τη βραδινή τους βάρδια να πλημμυρίζει με ανθρώπους γεμάτους γαγγραινώδη έλκη και άδειο βλέμμα στα μάτια. Ανάμεσά τους είναι η Τσέρι μια στριπτιζέζ που έχασε το πόδι της από επίθεση στο δρόμο και ο Ρέι. Καθώς οι ασθενείς μετατρέπονται γρήγορα σε επιτιθέμενους, η Τσέρι και ο Ρέι ηγούνται μιας ομάδας πολεμιστών ορμώντας προς ένα πεπρωμένο που θα αφήσει πίσω του εκατομμύρια μολυσμένους.
Η ιατρική εταιρεία Umbrella Corporation διατηρεί ερευνητικά εργαστήρια κάτω από το έδαφος της Ρακούν Σίτι, όπου καλλιεργείται ένας θανατηφόρος ιός. Κάποιος θα τον κλέψει, ο ιός όμως θα διαρρεύσει μεταμορφώνοντας τους πάντες σε ζόμπι που διψούν για αίμα. Η κυβέρνηση στέλνει μια ελίτ στρατιωτική ομάδα με επικεφαλής την Άλις και τη Ρέιν για να αναχαιτίσουν τον ιό τρεις ώρες πριν μολύνει τον υπόλοιπο κόσμο.
Στο κοντινό μέλλον, έξι μήνες μετά από το σημείο που η πρώτη ταινία μας είχε αφήσει, ο θανατηφόρος ιός έχει πλέον εξοντώσει ολόκληρη τη Βρετανία. Οι αμερικανικές στρατιωτικές δυνάμεις ανακοινώνουν ότι είναι και πάλι ασφαλές να κατοικηθεί η περιοχή κι έτσι ξεκινά ένα κύμα μετανάστευσης προς τη Μεγάλη Βρετανία. Μία οικογένεια θα ενωθεί ξανά, όμως ένα μέλος της κουβαλά ένα τρομερό μυστικό... γιατί ο φρικιαστικός ιός δεν έχει εξοντωθεί τελείως...
Η πράκτορας Άλις, που έχει αποκτήσει υπερφυσικές δυνάμεις ύστερα από βιογενετικά πειράματα που της υποβλήθηκαν, έχει ελάχιστες ώρες μέχρι το ξημέρωμα για να σώσει τους λίγους επιζήσαντες από τον θανατηφόρο ιό που μετατρέπει τους πολίτες της Racoon City σε αιμοδιψή ζόμπι.
Η μοίρα παίζει άσχημο παιχνίδι στη ζωή μίας γυναίκας. Απογοητευμένη απ΄ όλους και όλα, απαρνιέται το Θεό και αφιερώνει τη ζωή της στο να ξεσκεπάζει την αλήθεια που κρύβεται πίσω από γεγονότα, τα οποία οι άνθρωποι συνηθίζουν να αποκαλούν θαύματα. Όλα κυλούν φαινομενικά ήρεμα μέχρι τη στιγμή που καλείται να ταξιδέψει σε μία μικρή πόλη του Τέξας, στην οποία οι περισσότεροι άνθρωποι είναι βαθιά θρησκευόμενοι. Εκεί, θα πρέπει να επιλύσει μία σειρά από παράξενα γεγονότα που έχουν συμβεί σε κάποιους από τους κατοίκους και τα οποία παρουσιάζουν πολλές ομοιότητες με τις Δέκα Πληγές του Φαραώ, όπως αναφέρονται στη Βίβλο. Η διάκριση ανάμεσα στην αλήθεια και το ψέμα είναι πλέον αδύνατη, ακόμα και γι αυτήν. Όλα φαντάζουν πιθανά και η λογική δεν έχει καμία θέση σε ό,τι συμβαίνει. Ένα τρομακτικό ταξίδι αυτογνωσίας ξεκινά για την ηρωίδα, μετά το τέλος του οποίου, τίποτα δε θα είναι ξανά το ίδιο...