Beskućnik koji prosi na Grand Central RR stanici u New Yorku ugleda Prota koji se pojavljuje niotkuda. Kada ga policija zaustavlja nakon što pokušava pomoći opljačkanoj ženi, zadržavaju ga zbog njegovih tvrdnji kako nije stigao vlakom jer dolazi s druge planete. Odvode ga u umobolnicu gdje je pod prismotrom Dr. Powella koji, naravno, skeptično prima njegove tvrdnje da dolazi s K- PAX-a, planete udaljene 1000 svjetlosnih godina od Zemlje.
Kelly Scott (B. Fonda) sposobna je mlada paleontologinja njujorškog prirodoslovnog muzeja, atraktivna djevojka koja, doznavši da ju dečko i suradnik Kevin (A. Arkin) vara s kolegicom Myrom (M. Hargitay), s olakšanjem otputuje na hitan zadatak na Crnom jezeru u Maineu. Nakon što je jednog Kellynog kolegu ondje usmrtila zagonetna golema zvijer golemih ralja, lokalni šerif Hank Keough (B. Gleeson), u čijoj je prisutnosti nesretnik izgubio život, smjesta je alarmirao policiju i zatražio pomoć iz New Yorka.
Kada se izviđački brod Predatora sruši u Coloradu, Alieni koji su u njemu bili ukrcani pobjegnu i pobiju sve Predatore osim jednog. Posljednji preostali Predator sada mora uništiti sve Aliene kao i stravičnog Pred-Aliena začetog u prvom dijelu.