Em Guerra, César e os seus companheiros são forçados a entrar em confronto mortal com um exército de seres humanos liderados por um Coronel implacável. Depois de sofrer perdas inimagináveis, César luta com seus instintos mais obscuros e entra numa missão para vingar a sua espécie. À medida que a viagem chega ao fim, César e o Coronel confrontam-se numa batalha épica que determinará o destino das suas espécies e do futuro do planeta.

Lizzy Calgrove reflete sobre sua experiência como órfã inserida no programa do governo destinado a readmitir crianças perdidas na América do século XIX. Vinte anos antes, quando seu pai e soldado da União, Jack Calgrove, retorna a casa após a guerra (Guerra Civil Americana), ele descobre que a sua esposa morreu de tuberculose e seus filhos, incluindo Lizzy, foram enviados para o oeste no Comboio dos Órfãos. Depois de descobrir este erro terrível, segue em busca, juntamente com outros pais desesperados e indivíduos de bom coração, para tentar reunir as crianças perdidas com as suas famílias.

Quando a jovem República dos Países Baixos é atacada pelo grande Reino da Inglaterra, da França e da Alemanha e o próprio país está a ponto de uma guerra civil, apenas um homem pode liderar a mais poderosa arma holandesa: Michiel de Ruyter.