Alex, Marty, Melman, Gloria, regele Julien, Maurice, pinguinii și maimuțele s-au întors și sunt încă naufragiați în Madagascar. În fața acestui obstacol New yorkezii au născocit un plan atât de nebunesc încât s-ar putea să meargă. Cu precizie militară, pinguinii au reparat un avion vechi prăbușit, oarecum

După ce te-ai luptat cu un dragon malefic, ai salvat o prințesă frumoasă, dar și regatul socrilor tăi, ce mai poți tu să faci, ca un căpcăun adevărat ce ești? Păi, dacă te cheamă Shrek, ce altceva, decât să ajungi un soț cuminte și devreme acasă. În loc să mai bage în sperieți sătenii, așa cum avea obiceiul s-o facă înainte, Shrek se mulțumește acum să dea autografe pe furcile acestora. Cum de i-a pierit răgetul? Tânjind după zilele în care se simțea ca un căpcăun “adevărat”, Shrek e ademenit să semneze un pact cu șmecherul și alunecosul Rumpelstiltskin. E aruncat, astfel, într-o versiune alternativă și complet cu susul în jos a regatului Far Far Away, unde căpcăunii sunt vânați, Rumpelstiltskin este rege, iar Shrek și Fiona nu s-au întâlnit niciodată. Acum, stă în puterile lui Shrek să întoarcă lucrurile așa cum au fost, ca să-și salveze prietenii, să-și facă lumea înapoi, așa cum era, și să-și recâștige Unica sa Iubire.