۴ دوست در باغ وحشی در نیویورک زندگی می‌کنند: الکس (شیر)، مارتی (گوره خر)، ملمان (زرافه) و گلوریا (اسب آبی). با گم شدن یکی از آنها بقیه به دنبال او اسیر شده و به طور ناخواسته داخل قفس به آفریقا برگردانده می‌شوند و در همین حین یک اتفاق در دریا آنها را به سمت سواحل ماداگاسکار می‌کشاند. آنها با ورود به دنیای وحش با یک بومی ماداگاسکاری که نوعی میمون است آشنا می‌شوند. سرانجام قهرمان داستان ما با واقعیت‌های مقدر شده طبیعت مواجه می‌شود و…
حیات وحش آفریقا دل آلکس شیر، مارتی گورخر، ملمن زرافه و گلوریا اسب آبی را زده و آنها راه بازگشت به خانه، باغ وحش نیورک را در پیش می‌گیرند ولی اول باید از اروپا بگذرند، جایی که پلیس آنها را عنصر نامطلوب تلقی می‌کند و برای رسیدن به خانه باید از مونته کارلو، رم و لندن عبور کنند. در طول راه آنها از حیوان فرانسوی مسئول بازرسی به نام کاپیتان دوبوا (فرانسیس مک دورماند) برای خود دشمن می‌سازند. او کسی است که به کمتر از نصب سر یک شیر روی دیوار خانه‌اش راضی نمی‌شود. آنها به سیرک ملحق می‌شوند و در آن جا با استفانوی فوک (مارتین شورت)، جیا پلنگ خالدار (جسیکا چاستین) و ویتالی ببر (برایان کرانستون) آشنا و دچار مشکلاتی با آنها می‌شوند اما در آخر می‌فهمند که برای جلب توجه مردی که آنها را از آتلانتیک عبور می‌دهد باید با یکدیگر همکاری کنند…
اسکیپر، کوالسکی، ریکو و پرایویت با عضویت در یک سازمان مخفی به نام باد شمالی مأموریت می‌یابند تا جلوی دکتر اوکتاویوس به راین بد ذات را که قصد نابودی جهان را دارد بگیرند…
حیواناتی که از باغ‌وحش بیرون آمده بودند حالا در تلاش برای بازگشت دوباره به نیویورک هستند، اما به طور اتفاقی سر از آفریقا در می‌آورند. جایی که الکس با خانواده خود ملاقات می‌کند و این شروع اتفاقات جالبی است که برای آنها در ادامه داستان رخ می‌دهد…
وقتی بابانوئل و گوزن‌های شاخدارش از راه می رسند، این وظیفه الکس، مارتی، گلوریا و ملوین است که به او کمک کنند تا مراسم کریسمس را به خوبی اجرا نماید…