在纽约的中央公园里，生活着这样一群无忧无虑的好朋友：狮子亚利克斯、斑马马蒂、长颈鹿麦尔曼以及胖河马格洛丽亚。他们的性格开朗活泼，因此每天的生活都过得丰富多彩。直到有一天，一群流浪的企鹅令斑马马蒂产生了一个大胆的念头，那就是逃出动物园，探寻自己的故乡，寻找新世界。于是，没有通知其他朋友，马蒂悄悄上路了。这下可急坏了朋友们，亚历克斯和其他几个朋友也逃出了中央公园，踏上了寻找马蒂的旅途。
有一年圣诞节来到，纽约动物园内的欢声笑语，所有的动物都在为了这个每年一度的节日而欢呼雀跃。当然，企鹅四人组也不例外，它们准备了丰富的晚宴和圣诞礼物。不过，小兵（Christopher Knights 配音）在侦查时发现，有一只北极熊孤单一人，倍感落寞。小兵感同身受，它偷偷溜了出去，决定为北极熊寻找一份礼物。发现同伴失踪，队长（Tom McGrath 配音）、里克（John Di Maggio 配音）、考斯基（Chris Miller 配音）它们外出寻找，结果发现站在货物摊子上的小兵被一个老太太当作布绒玩具买走。这三个家伙毫不怠慢，急忙追了上去。平常就爱惹麻烦的企鹅四人组，又将上演一场圣诞夜的搞怪大冒险…… 本片为《马达加斯加》配套短片。
作为“蓝色星球”系列纪录片之一，本片由英国BBC自然历史专题小组拍摄，剧组人员潜到海洋5000米深处，用清晰绝美的镜头为我们呈现了世界各地大约200个不同地方的海洋生命，展现了奇幻耽美的海底奇观。影片围绕一只名叫深蓝的抹香鲸展开了深海的故事。深蓝原本快乐无忧地生活在海底深渊，3岁时遭遇了一次7.2级的强震，他幸免于难，但却永远失去了一起玩耍的伙伴们，之后他随着整个家族开始了流亡之旅。一次，他和怀有身孕的母亲遭遇到逆戟鲸的围攻，虽然它在战斗中受伤，但却拥有了一个妹妹，最重要的是，他见到了自己的偶像，这让深蓝充满力量去面对未知的海洋。深蓝在与凶残敌人的勇敢搏斗中逐渐成长，但是他却阻止不了人类对海洋的侵略，最爱的母亲被捕鲸船捕杀身亡。深蓝独自寻找未来，他穿越世界各地的深海，战胜了无数对手，赢得了女孩们的爱慕，成为海洋的勇士。年老的深蓝在迁徙中，再次遇到了怪物——潜水艇……
四个好伙伴逃出非洲后，他们便迫切想要回到纽约。按照惯例企鹅和猴子是要出马帮忙的，并且按照惯例它们也是会把整个计划搞黄的，所以按照惯例四个好兄弟们又一次发现自己错误地降落在了错误的地方—蒙特卡洛。他们的到来惊动了当地的动物管制中心，经过几个回合的拼死搏斗之后，动物们加入了一个欧洲巡演马戏团寻求保护。在马戏团的日子他们可谓是春风得意，旅途上的演出也唤醒了四人内心对表演事业的渴望与热情。到底他们最后能否成功回纽约，到底他们会否重新进入“演艺圈”，请大家拭目以待吧！
为了给最疼爱的小老弟菜鸟（克里斯多夫·奈茨 Christopher Knights 配音）庆生，老大（汤姆·麦格拉思 Tom McGrath 配音）带领菜鸟以及好搭档科斯基（克里斯·米勒 Chris Miller 配音）、瑞哥闯入了防守最严密的美国黄金储备中心，只为找到金库尽头仅有的那台销售炸薯条的自动贩卖机。谁知他们刚刚完成任务没多久，便被长着触角的贩卖机吞了进去，随后被运到一个神秘的所在。在全封闭的设施内，四只企鹅见到了伪装成基因遗传科学家的章鱼戴夫（约翰·马尔科维奇 John Malkovich 配音）。原来戴夫曾是动物园一只明星章鱼，但随着萌态十足的企鹅们的到来，他便跌入了绝望的深谷。因此戴夫潜心研制了可怕的血清，发誓要向所有他曾待过的动物园中的企鹅展开报复。老大和伙伴们在逃亡途中得到北风特工队的救助，而他们和这些高傲的特工队员将分别阻止戴夫的阴谋……
又是一年情人节，遭到流放的自大狂朱利安正和忠实的莫里斯失意行走在马达加斯加的荒野上。突然，他被一瓶从天而降的香水砸中脑袋。朱利安灵机一动，决心利用这瓶“九号爱药（Love Poison 9）”大做文章，重新成为万众瞩目的明星。狮子亚历克斯（本·斯蒂勒 Ben Stiller 配音）、斑马马蒂（克里斯·洛克 Chris Rock 配音）、河马格洛里亚（贾达·萍克·史密斯 Jada Pinkett Smith 配音）以及其他动物前去凑热闹观赏这出闹剧。与此同时，搞怪不断的企鹅帮也开展了属于它们的情人节大作战，它们要亲手研制自己的爱情灵药。情窦初开的马蒂试图借此接近美丽的姑娘…… 马达加斯加的疯狂情人节拉开序幕……
延续卖座第一集《马达加斯加》，流落荒岛的狮子艾利克斯与斑马等一行人，决定改造废弃于树头上的飞机离开无人岛，一开始还算顺利，一群动物们在飞机上开心庆祝即将回到五光十色的纽约，但随即坠落于大草原来到动物天堂「非洲」，不单如此，狮子艾利克斯在这里遇上了同类，却因为久居动物园失去沟通的本能，这一群十足观光客的外国动物，要如何融入环境？又是否能回到纽约，搞出多少笑料？
圣诞节临近，狮子亚历克斯（本·斯蒂勒 Ben Stiller 配音）、斑马马蒂（克里斯·洛克 Chris Rock 配音）、长颈鹿迈尔曼（大卫·休默 David Schwimmer 配音）以及河马格洛里亚（贾达·萍克·史密斯 Jada Pinkett Smith 配音）决定正式告别马达加斯加，回到久违的纽约共度佳节。冷冷清清的送别晚会没能熄灭它们归去的热情，好伙伴们燃起热气球正式出发，可是却被狐猴王朱利安当作红色妖盗击落下来。不久，真的红色妖盗出现夜空，混乱之中亚历克斯阴差阳错将其打落，结果却发现所谓的红色妖盗竟然是圣诞老人！倒霉的是圣诞老人被砸失忆，为了不让全世界小朋友失望，亚历克斯他们和企鹅帮决定充当圣诞老人的助手，将礼物送到世界每一个角落。
福克兰群岛是英国海外领土，这里仅有三千多名居民，还有数以万计的企鹅，是名副其实的企鹅天堂。本集带你走近这片企鹅乐土，一窥其备受争议的历史，领略群岛与世隔绝的独特风韵。
寒冷的南极大陆，四周一片安宁，但是却有两个调皮的家伙在此惹出了无数的笑话。居住在冰窑里的唐老鸭（克拉伦斯·纳什 Clarence Nash 配音）正在准备晚餐，突然他看到窗外有一只雌企鹅经过。唐老鸭幻想将企鹅做成一盘香喷喷的烤鸡，于是便扮成企鹅的模样前去猎杀。他实施了一条又一条毒辣的计划，结果皆遭遇了挫败。大陆的另一边，高菲（品托·考维格 Pinto Colvig 配音）在冰原上挖出一个窟窿，设下诱饵准备捕捉海豹。顽皮的海豹趁他不备，偷偷抢走了作为诱饵的小鱼，高菲气急败坏地四处追赶。