Leo, Ralph, Mikey og Donnie har alltid vært skjermet fra menneskeverdenen. Med håp om å vinne hjertene til resten av byen, og å endelig bli akseptert som vanlige tenåringer, begir skilpaddebrødrene seg ut på et heroisk eventyr. Deres nye menneskevenn, April O'Neill, bistår i jakten på et mystisk kriminalnetteverk, men når de plutselig står overfor en hel hær av mutanter, oppdager guttene at de kanskje har tatt på seg mer enn de kan håndtere.

Det er de dødes dag, én av ninjaenes favoritthelligdager. Men når hele NINJAGO-verdenen trues av en ondskapsfull plan, må Cole og ninjagjengen kjempe mot en hær av erkefiendene sine, og den mystiske Mester Yang. Det er kun knep, og ingen knask, for NINJAGOs største helter, for hvis de taper denne kampen . kan de ende opp som «levende døde» selv! Action, eventyr og mysterier som ender i et hjertebankende klimaks som vil endre ninjaenes liv for alltid!

De fire kompisene Leonardo, Donatello, Michelangelo og Raphael støter på nye problemer når en vitenskapsmann i ledtog med Shredder begynner å lage flere mutanter og slipper dem løs i New York. Samtidig invaderer den utenomjordiske skapningen Krang byen. Sammen med sine sine allierte, April O'Neil, Vern Fenwick og Casey Jones, må ninjaskilpaddene sette en stopper for truslene før de kommer helt ut av kontroll.