Nishi, un detective di polizia violento ed irascibile costretto alle dimissioni per un incidente procurato al suo collega Horibe, è costretto su una sedia a rotelle. Passa il suo tempo accudendo la moglie Miyuki, affetta da leucemia. Nishi ha un grosso problema: ha contratto un debito con la Yakuza per curare la moglie, ma non ha i soldi per pagarlo. Nel frattempo Horibe si dedica alla pittura, creando delle opere surrealistiche di grande bellezza.

SSS9, agente segreto di uno Stato del Medio-Oriente, ruba alcune cellule di Godzilla che erano state recuperate anni prima tra le macerie di Tokyo e custodite in un apposito contenitore dalla Japan Self Defence Force. Il dottor Shirigami, incaricato di rielaborare il DNA del mostro, mentre sta rimboccandosi le maniche per mettersi al lavoro, si trova però ad affrontare un improvviso doloroso avvenimento: il contenitore, per evitare che cada in mani sbagliate, è stato infatti munito di un dispositivo autoesplodente e nell'esplosione muore accidentalmente proprio la figlia del dottore, Erika. Shirigami, disperato, mette in pratica un'idea pazzesca...........

Il boss Anjo viene ammazzato da un misterioso killer in maniera estremamente truculenta, ma nessuna traccia viene lasciata. Per ritrovare Anjo, convinto che sia ancora vivo, il folle e sadico Kakihara, suo vice, accetta il consiglio dell'enigmatico informatore Jijii e per questo rapisce e tortura Suzuki, capo di un banda rivale, che si dimostra però estraneo all'accaduto. Per punizione Kakihara e il suo clan vengono estradati dal sindacato della yakuza di Shinjuku. La caccia non finisce, ed è sempre più complessa per Kakihara che non può immaginare che il killer sia Ichi ("uno"), un ragazzetto timido e complessato che, sotto il condizionamento mentale di un misterioso manovratore, si trasforma in una brutale macchina di morte. Ossessionato dall'idea di confrontarsi con Ichi, Kakihara tortura chiunque dimostri di saper qualcosa sul suo conto mentre il suo rivale continua di nascosto a seminare morte.

Julia, agente immobiliare, ha messo per caso le mani su un bottino di sei miliardi trovato nascosto sotto una mattonella nell'appartamento di un morto. I condomini, venuti a conoscenza del fatto, sono pronti a tutto, dalla seduzione all'omicidio, purché Julia non si allontani dal palazzo con il suo valigione.

Azumi è una bambina che, orfana di madre, viene adottata e salvata da un insegnante della tecnica samurai, nonché generale dell'esercito imperiale. Dopo dieci anni di insegnamento Azumi, che ha imparato le tecniche insieme a nove uomini, va in missione per uccidere tre potenti shogun.

Due astronauti (il giapponese Fuji e l'americano Glenn) si dirigono verso un misterioso Pianeta X scoperto vicino a Giove. Improvvisamente vengono attaccati da King Ghidorah, e vengono salvati dagli alieni chiamati Xiliens. Gli alieni spiegano che sono costretti dalle continue incursioni di King Ghidorah (che loro chiamano Mostro 0) a vivere nel sottosuolo. Per questo chiedono ai terrestri di aiutarli: se loro 'presteranno' agli Xiliens Godzilla (Mostro 1) e Rodan (Mostro 2) per combattere il Mostro 0, gli alieni in cambio consegneranno un'assistenza alla loro scienza medica.

I giovani assassini Azumi e Nagara continuano la loro missione per prevenire una guerra civile. Nella loro caccia a Masayuki Sanada, che è protetto sia da un esercito che da un clan pericoloso, incontrano Ginkaku, una persona che mostra una notevole somiglianza con l'ex amico Nachi.

La banda di Ryuchi, cinese emigrato in Giappone per scalare i vertici della malavita, effettua una serie di omicidi. A tallonare il gangster, oltre alla locale yakuza, c'è anche il detective Jojima, che per venire incontro alla politica di non violenza della polizia chiede aiuto ad alcuni criminali.

Alla fine di Crows Zero II abbiamo visto Genji Takiya diplomarsi dalla scuola superiore Suzuran. Con l'inizio del nuovo anno scolastico comincia una nuova battaglia per ottenere la supremazia. Con il posto del capo vacante, Toru Goura sembrerebbe la persona più vicina a riempire il ruolo lasciato da Genji, ma dovrà affrontare degli agguerriti rivali. Nel frattempo, comincia a montare un nuovo conflitto con la scuola industriale rivale, la Kurosaki.

La trama segue Lupin, Jigen, Goemon e Fujiko uniti per rubare un gioiello noto come il "Cuore cremisi di Cleopatra", inestimabile prezioso custodito in una gigantesca cassaforte di massima sicurezza chiamata "L'Arca di Navarone". Ad ostacolare la riuscita del piano l'instancabile ispettore Zenigata pronto ad insidiare Lupin ed i suoi con nuove trappole e tranelli.