Une soucoupe volante atterrit sur Terre. Alors qu'on les croyait hostiles, les extraterrestres sont en fait porteurs d'un message de paix pour l'humanité.
Des faits étranges se produisent un peu partout dans le monde : des avions qui avaient disparu durant la Seconde Guerre mondiale sont retrouvés au Mexique en parfait état de marche, un cargo est découvert échoué au beau milieu du désert de Gobi. Dans l'Indiana, pendant qu'une coupure d'électricité paralyse la banlieue, Roy Neary, un réparateur de câbles, voit une "soucoupe volante" passer au-dessus de sa voiture. D'autres personnes sont également témoins de ce type de phénomène : Barry Guiler, un petit garçon de quatre ans, est réveillé par le bruit de ses jouets qui se mettent en route. Cherchant à savoir d'où proviennent ces ovnis, Roy Neary se heurte aux rigoureuses consignes de silence imposées par le gouvernement fédéral. Obsédé par ce qu'il a vu et hanté par une image de montagne qu'il essaie désespérément de reconstituer, il est abandonné par sa femme Ronnie et ses enfants. Il n'y a que Jillian, la mère de Barry, qui le comprenne.
Le mangaka Rohan Kishibe visite le musée du Louvre à la recherche d'un tableau mystérieux.
Les inénarrables aventures de l'agent Fox Mulder et de sa coéquipière Dana Scully adaptées ici pour le grand écran. Tout commence par la découverte, au nord du Texas, d'ossements préhistoriques dans une grotte par un jeune garçon. A leur contact un mystérieux parasite pénètre sa peau et envahit son organisme. Le corps de l'enfant est évacué par un certain Bronschweig avant l'arrivée des secours. Mulder et Scully vont bientôt découvrir un projet de guerre bactériologique par la propagation d'un virus. Le nord du Texas servirait de champ d'expérimentation...
Victime d'un incident, un vaisseau spatial extraterrestre est pris en chasse par des avions russes, qui parviennent finalement à l'abattre. Le vaisseau s'écrase dans la banlieue de Moscou et les survivants, bien que pacifiques, sont traqués et parqués par l'armée moscovite. Une écolière parvient à sauver et à cacher l'un des extraterrestres. Et bientôt, toute la population commence à émettre des doutes sur les motivations des aliens et la nécessité de les enfermer.
À la fin des années 1950, au Nouveau-Mexique, une jeune demoiselle du téléphone, Fay, et un animateur radio, Everett, découvrent une étrange fréquence comportant des appels interrompus et anonymes. Des signaux sonores conduisent Fay et Everett à résoudre l'énigme...
Le détective privé Mike Church enquête sur les personnes disparues. Appelé par les soeurs d'un couvent de Los Angeles, il accepte d'aider Grace, une jeune femme amnésique, à retrouver sa famille. Son enquête le mène jusqu'à Franklyn Madson, un antiquaire-hypnotiseur, grâce auquel il découvre que les cauchemars de Grace se réfèrent à l'assassinat de la pianiste Margaret Strauss par son mari en 1949.
La belle Noriko Miki travaille dans une compagnie de cosmétique. Mais un jour, Noriko est assassinée. Les gens commencent alors à suspecter sa collègue de travail Miki Jono de l'avoir tuée. La télévision commence même à exposer cette histoire. La presse interviewe ses collègues, sa famille, ses voisins… La rumeur tourne à la peur. Mais qui est réellement Miki Jono ?
Isolé dans sa petite maison, Brian sombre dans la dépression. Pour tromper sa solitude, il décide de construire un robot nommé Charles, un amas improbable de pièces qui se révèle drôle et attachant. Qui pourrait contrarier cette amitié ?
Cat, une fugitif d'une Terre parallèle dirigée par des aliens, atterrit sur "notre" Terre au milieu d'une autoroute, provoquant un accident. Elle est légèrement blessée et se réveille dans la salle d'urgence d'un hôpital où Thomas, un médecin, prend soin d'elle.