Co by się stało, gdyby Shiroyasha nigdy nie nie istniał? I co się stało z Yorozuya? Edo jest zamieszane w chaos, który powstał przez nieznaną przyczynę. Sakata Gintoki żyje teraz w świecie, gdzie przyszłość została zmieniona bez niego. Teraz jako duch z przeszłości, po raz kolejny musi udźwignąć ciężar i uratować swych przyjaciół. Podejmie się jak dotąd najtrudniejszej misji.
Ośmioletni chłopiec jest gotów zrobić wszystko, żeby zakończyć II wojnę światową, aby jego ojciec mógł wrócić do domu.
Film jest oparty na historii życia Ishikawy Goemona, legendarnego XVI wiecznego wojownika ninja i bandyty, który kradł kosztowności by dawać je biednym. Mało jest historycznych informacji na temat życia Goemona, zatem stał się on folklorystycznym bohaterem, którego pochodzenie jest rozważane. Filmowa wersja tworzy nową interpretację tej postaci.
Manji, wprawny wojownik obarczony klątwą nieśmiertelności, zgadza się zostać ochroniarzem pewnej dziewczynki i pomścić jej zamordowaną rodzinę.
Podczas II wojny światowej na wyspach Pacyfiku cywilni pracownicy budują obiekty chronieni tylko przez marynarzy. Po powrocie z jednej misji budowania lotniska, gdzie zginęło kilku budowlańców, Porucznik Komandor Robert Yarrow przy pomocy właściciela firmy Donovana pragnie stworzyć wojskowe brygady budowlane. Dowództwo zgadza się pod jednym warunkiem: ochotnicy muszą przejść długie szkolenie wojskowe, ale Donovan nie chce tak długo czekać i wyrusza ze swoimi ludźmi na kolejną wyspę wybudować lotnisko dla wojska