Il film conclusivo della serie animata Gintama, adattando i capitoli finali dell'omonima serie a fumetti di Hideaki Sorachi. Il film copre i capitoli 699-704 dei fumetti originali, con l'aggiunta di materiale originale.
Nishi, un detective di polizia violento ed irascibile costretto alle dimissioni per un incidente procurato al suo collega Horibe, è costretto su una sedia a rotelle. Passa il suo tempo accudendo la moglie Miyuki, affetta da leucemia. Nishi ha un grosso problema: ha contratto un debito con la Yakuza per curare la moglie, ma non ha i soldi per pagarlo. Nel frattempo Horibe si dedica alla pittura, creando delle opere surrealistiche di grande bellezza.
L'impresario Kumayama esibisce alla curiosità della gente un gigantesco uovo rivenuto da alcuni pescatori sulla spiaggia di un'isola dopo una violenta tempesta. Egli non sa che l'uovo è sacro per gli abitanti della favolosa Infant Island, esseri di piccolissime dimensioni che venerano la dea falena Mothra e che guardano con ostilità gli uomini, colpevoli, tra l'altro, di inquinare l'ambiente con gli esperimenti atomici. Quando le Sobijin, due fate gemelle, vengono da Infant Island a reclamare l'uovo, Kumayama pensa di aggiungere anche loro alla sua attrazione e tenta di catturarle. Riuscite a fuggire e trovato rifugio in una foresta, diventano amiche di due giornalisti e di uno scienziato "buono" che stanno organizzando un servizio fotografico. Gli uomini promettono di aiutare le due piccole straniere, ma quando stanno per tornare in città scorgono l'immensa mole di Godzilla: il mostro atomico...
Azumi è una bambina che, orfana di madre, viene adottata e salvata da un insegnante della tecnica samurai, nonché generale dell'esercito imperiale. Dopo dieci anni di insegnamento Azumi, che ha imparato le tecniche insieme a nove uomini, va in missione per uccidere tre potenti shogun.
Mr. Tako, presidente di un'industria farmaceutica giapponese, viene a sapere dell'esistenza di una sorta di grossa bacca che cresce sull'isola di Farou e che avrebbe effetti curativi miracolosi. Non solo: pare anche che i nativi adorino un enorme scimmione chiamato King Kong, che nella mente perversa di Tako appare già come il testimonial ideale per i suoi prodotti. Trasferito a Tokyo, King Kong dovrà vedersela col mostro Godzilla, riportato accidentalmente in vita da un cataclisma...
I giovani assassini Azumi e Nagara continuano la loro missione per prevenire una guerra civile. Nella loro caccia a Masayuki Sanada, che è protetto sia da un esercito che da un clan pericoloso, incontrano Ginkaku, una persona che mostra una notevole somiglianza con l'ex amico Nachi.
Dopo la caduta di Singapore, un gruppo di militari inglesi viene catturato e portato in un campo di prigionia nel cuore della giungla thailandese. I prigionieri, capeggiati dal capitano Gordon sono considerati parte di una razza inferiore e devono fare i conti di un lavoro massacrante, cioè la costruzione della nuova linea ferroviaria. Il loro unico desiderio è fuggire. Il maggiore Campbell cerca di organizzare una fuga, ma il morale della truppa, fiaccato dalla fame, dalle malattie e dalle torture, è a terra. Interviene il capitano Gordon che aiuta i prigionieri a riconquistare dignità e speranza.