미래, 인류와 기계의 전쟁은 계속 되는 가운데 스카이넷은 인류 저항군 사령관 존 코너를 없애기 위해 액체 금속형 로봇인 T-1000(로버트 패트릭)을 과거의 어린 존 코너에게로 보낸다. 형태의 변신과 자가 치유까지 가능한 T-1000에 대항하고 존 코너를 지키기 위해 인류 저항군은 T-101(아놀드 슈왈제네거)을 과거로 급파한다. 미래의 인류 운명을 쥔 어린 존 코너, 그를 구해내지 않으면 인류의 미래는 없다. 반드시 제거해야 하는 스카이넷의 T-1000은 거침없이 존 코너 일행을 위협하며 숨가쁜 추격을 시작하는데...

서기 23세기. 세티 알파 5호 행성 근처에서 렐리언트호가 미세한 생명체의 움직임을 포착한다. 이에 확인 차 행성에 내려간 체코프 항해사와 테렐 함장은 그만 칸에게 포로로 잡힌다. 커크 제독(윌리엄 샤트너 분)에 의해 추방당했던 칸은 오랜 세월동안 복수의 기회만 노리고 있었던 인물. 렐리언트호를 탈취한 칸은 새로운 생명체를 창조할 수 있는, 일명 제네시스라고 불리는 기계를 탈취하기 위해 과학선 레귤라 1호로 향한다. 한편, 생도들의 처녀항해를 지켜보기 위해 엔터프라이즈호에 탑승해있던 커크 제독은 레귤라 1호의 캐롤박사로부터 의문의 메시지를 받는다. 이에 커크 제독은 제네시스 계획을 확인하고 초고속으로 레귤라 1호가 있는 곳으로 향한다. 하지만 이미 그 곳은 칸이 길목을 지키고 있었고, 렐리언트호를 전혀 의심하지 않았던 커크 제독은 칸에게 일격을 당하고 마는데...

인기 없는 미국 대통령이 상원 의원을 통해 핵 군축 조약을 체결하려 하지만, 국민들이 그에게서 등을 돌렸다는 것을 발견한다. 해병대 대령 케이시는 합동 참모 본부에서 광범위한 인기를 얻고 있고, 2 년 안에 대통령 후보가 유력시 되는 스콧 장군이 그때까지 기다릴 계획 없다는 증거를 찾는다. 케이시는 정보를 가지고 대통령에게 간다. 그리고 신뢰의 확신이 서지 않는 양쪽과 음모의 망을 치기 시작하는데...

주도자는 미국의 한 요원으로 우크라이나 국립 오페라 극장의 한 사건에 투입되었다가 우크라이나 요원들에게 붙잡히게 되고 고문을 받지만 CIA가 준 자살 약을 먹고 자살을 택하게 된다. 그러나 이내 다시 눈을 뜬 주인공은 의문의 한 남자로부터 임무를 부여받는다. 그가 주도자에게 줄 수 있는 건 하나의 제스처와 하나의 단어 뿐. 시간의 흐름을 뒤집는 인버전을 통해 현재와 미래를 오가며 세상을 파괴하려는 사토르를 막기 위해 투입된 작전의 주도자는 인버전에 대한 정보를 가진 닐과 미술품 감정사이자 사토르에 대한 복수심이 가득한 그의 아내 캣과 협력해 미래의 공격에 맞서 제3차 세계대전을 막아야 한다.

어느날, 이집트 사막의 한 가운데에서 신비한 원형의 인공물이 발견된다. 그 후, 고대 이집트의 피라미드 연구 전문가인 청년 학자 잭슨(Dr. Daniel Jackson: 제임스 스페이더 분)은 연구발표회를 갖지만 너무 급진전한 논리로 학계에서 인정을 받지 못한다. 그의 연구에 관심을 보인 것은 뜻밖에도 공군특수 연구소. 그곳 비밀 지하 기지에는 이집트 사막에서 발견된 원형 인공물을 연구 중이었다. 공군은 잭슨의 머리로 마침내 그것이 4차원 세계로 갈 수 있는 물체임을 알고 '스타게이트'로 명명한다. 잭슨은 여행의 목적도 잘 모르는 채 오닐 대령(Colonel Jonathan "Jack" O'Neil: 커트 러셀 분)이 이끄는 특수대원들과 함께 4차원 세계로 들어가 사막으로 된 낯선 위성에 도착한다. 그곳에서, 그 옛날 외계 생명체가 지구로 와서 스스로를 고대 이집트의 신인 '라'(Ra: 제이 데이비슨 분)로 위장하고 이집트인들을 데려다 노예로 부리고 있었다. 잭슨과 오닐은 노예들을 설득하여 라에게 도전하도록 만든다. 위기를 느낀 라는 가공할 폭탄을 지구로 보내서 지구를 파멸시키려고 하지만 오닐의 방해로 실패하자 피라미드 우주선을 타고 도망친다. 잭슨은 그 가공할 무기를 피라미드 위성에 폭발시켜 라를 처치하고 노예들을 해방시킨다.

존 맥클레인(브루스 윌리스)은 LA에서 날아오는 아내 홀리를 마중하기 위해 공항으로 나간다. 그러나 테러리스트들이 공항을 점거하고, 마약의 대부 에스페란자 장군을 압송해 오는 비행기를 착륙시킨 후 점보기를 준비해 놓을 것을 요구한다. 홀리가 탄 비행기는 착륙하지 못하고 공항을 선회하나 연료가 떨어져 간다. 맥클레인과 특수부대원들은 테러리스트들의 본부인 교회를 습격하나 테러리스트들은 비행기에 오른다. 그러나 맥클레인은 테러리스트들의 총알이 공포탄이었음을 알고 특수 부대와 테러리스트들이 한 통속임을 알아내는데...

어느날 밤, 시내 전체가 정전이 되고 사고가 발생한다. 경찰은 수사를 통해 누군가 고의로 꾸민 사보타지임을 밝혀내고 범인을 찾아나선다. 경찰은 시내에서 극장을 경영하고 있는 벌록을 유력한 용의자로 지목하고 그를 감시하도록 테드를 투입한다. 테드는 극장 옆 야채가게 점원으로 위장취업하여 벌록과 그의 부인 그리고 그녀의 어린 동생 스티브에게 접근하고, 테드는 벌록의 부인과 스티브에게 호감을 느끼게 된다. 한편, 테러 집단은 큰 폭탄을 이용한 사보타지를 계획하고 벌록에게 폭탄을 운반하는 임무를 맡긴다. 벌록을 미행하던 경잘은 그에게서 결정적인 단서를 찾아낸다. 토요일 오후 1시 45분까지 피카디리 광장으로 폭탄을 운반해야 하는 벌록은 테드가 자신을 감시하고 있는 것을 알고 초조해 한다. 그러는 사이에 새장에 실린 폭탄이 도착하고, 생각다 못한 벌록은 폭탄을 필름으로 위장한 뒤, 스티브에게 그것을 운반하도록 시킨다. 영화 필름인줄만 알고 심부름을 나선 스티브는 가는 길에 이것저것 구경하느라 시간 가는 줄 모른다. 결국 스티브가 탔던 버스는 광장에 도착하기도 전에 폭파하고 만다. 스티브의 사망소식을 확인한 누나는 벌록을 증오하며 결국 그를 죽인다. 그때 그녀를 찾아온 테드는 벌록의 시체를 발견하고 그동안 품어왔던 사랑을 고백하며 함께 도망가자고 제의한다. 한편 새장에 폭탄을 실어서 운반했던 노인은 자신의 새장이 단서가 되는 것을 두려워한 나머지 새장을 찾으러 극장을 찾았다가 경찰과 대치상황에 놓이게 된다. 결국 그 노인은 스스로 폭탄을 터뜨려 자살하고 경찰은 이 사고로 벌록도 같이 사망한 것으로 결론을 내린다. 테드는 흐느끼는 벌록 부인을 부축하며 영원히 함께 할 것을 다짐한다.

비밀 경호국 최고 요원 배닝의 엄호 중 트럼불 대통령을 향한 초대형 규모의 드론 테러가 발생한다. 가까스로 대통령을 구하고 유일하게 살아남은 배닝은 완벽히 조작된 음모에 의해 대통령 암살사건의 테러범으로 지목되고, 국가 영웅은 한순간에 일급 수배자가 되어 FBI에게 쫓기게 되는데…

미국 대통령인 제임스 마샬(President James Marshall: 해리슨 포드 분)은 러시아의 고관들이 운집한 대형 룸에서 파시스트 독재자인 라덱 장군이 최근 카자흐스탄에서 저지른 인권을 유린하는 폭거는 더이상 용납하지 않을 것이라는 열정적인 연설을 한다. 아울러 마샬은 정치적 독재를 겨냥한 총체적 전쟁의 포성을 알리는 조치로 라덱 장군을 체포하기 위해 전개한 러시아와 미국의 합동 작전의 성과를 치하한다. 이 연설이 끝난 후 마샬은 아내(Grace Marshall: 웬디 크로슨 분)와 딸(Alice Marshall: 리슬 매튜스 분)과 함께 워싱턴으로 돌아가기 위해 대통령 전용기, '에어 포스 원'에 오른다. 그러나 이 비행기는 러시아의 저널리스트로 위장한 발레라(Valera: 게리 올드만 분)가 이끄는 테러리스트들에 의해 공중 납치를 당하게 된다. 이들의 목적은 억류 중인 독재자 라덱 장군을 석방하려는 것. 그러나 라덱 장군이 석방될 경우 수백, 수천 명이 더 죽임을 당하게 된다는 것을 아는 백악관의 부통령(Vice President Kathryn Bennett: 글렌 클로즈 분)은 속수무책의 상황에 빠지고 미국의 막강한 군사력도 난감한 상황에 봉착하게 된다. 이들 테러리스트의 만행을 저지시키는 임무는 전적으로 단 한 사람, 미국 대통령 제임스 마샬의 어깨에 달려 있다. 테러리즘과는 추호의 타협도 용납하지 않겠다는 그의 용기와 확신은 대통령 전용기 안에 그의 가족이 함께 억류되어 있는 상황에서 시험대에 오르게 되는데.

2003년, 세계평화라는 명목 하에 시작된 이라크 전쟁. 미 육군 로이 밀러(맷 데이먼) 준위는 이라크 내에 숨겨진 대량살상무기 제거 명령을 받고 바그다드로 급파된다. 익명의 제보자가 제공한 일급 정보에 따라 수색 작전을 펼치는 밀러 준위, 하지만 작전은 매번 실패로 돌아가고 세계평화라는 거대한 명분 속에 숨겨진 추악한 진실과 마주하게 된다. 퍼즐처럼 얽힌 진실 속에 전쟁은 겉잡을 수 없이 확산되고, 대량살상무기의 존재 여부에 대한 의혹만 커져가는데…

플로리다 제도에서 베트남 난민의 시체를 가득 싣고 표류중인 배가 발견된다. 이 배는 U.N.소유로 판명되고, 잔혹한 대학살에 U.N.사무총장이 연루됐음을 보여주는 비디오까지 공개되면서 중국과 무역협정체결을 위한 정상회담을 준비하고 있는 U.N.은 최대의 위기에 몰린다. 이에 U.N.의 실질적인 권력자 훅스는 모든 것이 U.N.과 중국과의 무역체결에 반대하는 세력에 의한 음모라는 결론을 내리고 U.N. 최고의 비밀요원 쇼(웨슬리 스나입스)와 그의 팀을 불러들여 비밀리에 수사를 벌인다. 사건의 가장 유력한 용의자인 중국대사 윙을 조사하기 위해 쇼는 뉴욕의 연례파티에 참석하지만 윙이 예상치 못한 암살을 당하자 쇼는 암살범으로 몰려 경찰에 체포된다. 신분을 밝힐 수 없는 쇼는 이송 도중 탈출해 팀원들을 만나러 가지만 모두 살해당한 후였다. 쇼는 자신들의 작전을 모두 알고 있는 적에 맞서 홀로 싸운다.

천재적인 악당 렉스 루터는 수퍼맨과 대항할 수 있는 '핵인간'을 창조해낸다. 한편, 제레미라는 한 아이가 수퍼맨에게 핵무기 없애달라는 부탁의 편지를 하게되고 그는 세계 평화를 위협하는 핵무기들을 모두 제거하기로 결심하는데, 박물관에 기증한 수퍼맨의 머리카락 한 올을 훔쳐서 창조해낸 그 핵인간을 통하여 세계를 공포의 도가니로 만들어 무기 상인들로 하여금 그것을 빌미로 전세계에 무기를 팔아 수많은 재물을 얻게 하고 그댓가를 챙기던 루터는 결국 본색을 드러내 그 무기상들을 자리에서 몰아내고 무기 판매회사의 실질적 두목으로 군림하게되는데...