Segunda parte, continuación de "La Historia del Cominezo". Madoka intenta aún decidir si convertirse o no en una chica mágica tras darse cuenta de que no se trata del trabajo divertido y desenfadado que parecía al principio...

Después de tener una extraña pesadilla, Madoka Kaname, una chica de 14 años encuentra a una criatura mágica llamada kyubee. A Madoka y Sayaka Miki, su amiga, les ofrece la oportunidad de ganar poderes mágicos si están de acuerdo en hacer un contrato con el. Kyubee les ofrece cumplir un deseo, pero a cambio deben arriesgar sus vidas para luchar contra brujas. Criaturas que, nacidas de maldiciones,son responsables de muchos asesinatos y suicidios. Una aliada de kyubee, una chica mágica llamada Mami Tomoe, se hace amiga de ellas y las alienta a aceptar el contrato. Por razones desconocidas, otra chica mágica llamada Homura Akemi esta decidida a impedir que Madoka acepte la oferta.

Irlanda, 1939. Al reformatorio católico de San Judas llega un nuevo profesor (Aidan Quinn) cuyos métodos chocan frontalmente con los del resto del profesorado, encabezado por el hermano John (Iain Glen), que no duda en tratar violentamente a los alumnos. Es la historia de un hombre que no duda en rebelarse y luchar contra el férreo régimen del reformatorio. Su vida es un dramático viaje, desde las destruidas calles del Madrid de la Guerra civil al limitado mundo de un reformatorio. Basada en hechos reales.

Stela, una joven colegiala, sale del internado para pasar las vacaciones de Navidad con su madre en la antigua, pero suntuosa casa del que fue su abuelo paterno. Cuando Stela llega, se ve sorprendida por otro invitado, el amante de turno de su madre. Pronto se deja ver el temperamento erótico de la muchacha, pues a pesar de su aspecto infantil, sus reacciones son eminentemente eróticas, fruto de la represión a que se ve sometida en el internado de señoritas donde su madre la retiene durante el año.

Cinco chicas problemáticas se ven obligadas a acogerse a un programa experimental de enseñanza, impartido por la enigmática Madame Duret (Uma Thurman) en el internado Blackwood. Pronto empiezan a mostrar talentos singulares que no sabían que poseían, y a tener extraños sueños, visiones y lagunas de memoria. Cuando la frontera entre realidad y sueño comienza a hacerse demasiado difusa, todas comprenden al fin el motivo por el que han sido llamadas a Blackwood. Aunque puede que ya sea tarde...

Yumi Sugimoto será Rin, una tímida joven que descubre que su brazo a mutado a una especie de arma afilada en su decimosexto cumpleaños. Una organización del gobierno en la sombra empieza inmediatamente a darle caza, matando a sus padres incluso, pero Rin es salvada justo a tiempo por un ser con superpoderes llamado Hiruko. Pronto los mutantes de todas partes de Japón se reúnen y empiezan a recibir entrenamiento militar para derrocar al gobierno. Mientras tanto, Rin se hace con una máscara de hierro especial y empieza su vida como chica de combate, utilizando sus poderes mutantes y habilidades acrobáticas para enfrentarse a las fuerzas especiales que cazan a los mutantes.

Un exitoso letrista de rock se involucra románticamente con una chica a la que hace autostop solo para descubrir que solo tiene catorce años. Sus padres toman medidas contra él.