Mami, Saiyaka e Kyoko sono morte e la terribile strega nota come “Notte di Valpurgis” sta per attivare. L’unica speranza di poterla sconfiggere è che Madoka diventi una maga ma Homura è disposta a tutto pur di evitare che ciò avvenga. Anche se questo dovesse significare combattere da sola

Due studentesse Madoka Kaname e Sayaka Miki, sono avvicinate da uno strano essere di nome Kyubey, questi offre loro di diventare delle giovani maghe... ma Homura Akemi, un loro compagna di scuola, cercherà in tutti i modi di impedire loro di sottoscrivere un tale contratto. In questo mondo nascosti ai più esistono creature che possiedono il potere di concedere un desiderio a una ragazza da loro prescelta. Tuttavia quest'ultima per poterlo esprimere deve scegliere di sottoscrivere un contratto e diventare così una maga. Il loro scopo è di lottare contro le streghe, creature malvagie nate da maledizioni, responsabili di omicidi, suicidi ed ogni genere di crudeltà.

Irlanda, 1939. William Franklin, di ritorno dalla guerra civile spagnola dove ha perso la moglie, diventa insegnante di poesia e letteratura nel riformatorio di St.Jude gestito da preti cattolici. I suoi metodi di insegnamento gli fanno guadagnare la fiducia dei ragazzi, ma vengono visti con sospetto dal resto dei docenti e dal severo preside Fratello John, che è fautore di metodi didattici più severi e crudeli.

La giovane Kit Gordy è eccitata dall'entrare in un'esclusiva scuola privata femminile ospitata in un palazzo chiamato Blackwood Hall, su cui ricadono oscure leggende. Lì comincia il suo incubo, nel quale la sua direttrice avrà un ruolo di primo piano.

Al suo sedicesimo compleanno, Rin (Yumi Sugimoto), una studentessa timida e vittima di bullismo, assiste ai suoi genitori uccisi da umani paurosi e anti-mutanti. Le abilità mutanti dormienti di Rins vengono risvegliate e viene allontanata dalla sua città natale da una folla inferocita. Incontra altri mutanti chiamati "Hiruko" e fa

Rapito da un'organizzazione criminale di Los Angeles, un gruppo di studentesse deve combattere e sedurre per vendicarsi dopo che una di loro si è suicidata, insegnando ai criminali una lezione su come prendere a calci in culo e prendere nomi.