I en nær fremtid efter den store krigs verdensomspændende ødelæggelse finder man den forfaldne metropol Neo Tokyo, der blev til af resterne af den gamle verden. Kriminellebander, politi brutalitet, korruption og udbredt arbejdsløshed gør byen til et sted med evig uro. De to unge motorcyklister Kaneda og Tetsuo begiver sig ud for at finde sandheden, så de kan bringe orden i en by i konstant uorden.

I dette action-eventyret møter vi for første gang Mewtwo, en Pokemon skapt ved hjelp av arvestoffer fra Mew, den legendariske Pokemon. Mewtwo er fast bestemt på å vise sin styrke, og greier å kure Ash, Picachu og de andre inn i en Pokemonkamp ingen har opplevd maken til. Mewtwo mot Mew. Super-kloningen mot Pokemon. det er det endelige oppgjør...og verden står på spill.