全世界被产业革命的波澜推动，自近世变迁至近代之时，不死的怪物突然出现。被钢铁的皮膜包覆，只要心脏不被破坏就不会消灭，被它啃咬的人似乎也会在死过一次之后复生，并开始袭击人类。之后被称为卡巴内的这些怪物爆发性地增殖，并覆盖了全世界。 远东岛国日本的人们，为了对抗卡巴内的威胁而在各地建造名为「驿」的城寨，并困守在其中，想方设法残存下去。能够在驿之间来往的只有装甲蒸气机关车（通称骏城），驿之间通过各自生产物的融通，总算是保证了生活。住在以炼铁和蒸气机关的生产为业的显金驿的蒸气锻冶少年，生驹。他为了打倒卡巴内，开发出独自的武器「贯筒」，同时期盼着有朝一日能够发挥出自己的力量。 某天，穿越前线的骏城之一甲铁城来到了显金驿。为了车辆的清扫整备而被召唤的生驹，目击到了从义务性的卡巴内检阅中被免除的不可思议少女。当晚，生驹与自称为无名的那位白天的少女再会，此时骏城突然暴走并突入了显金驿。乘务员全灭，而且全部变成了卡巴内！卡巴内从显金驿中溢出。如同要从被恐慌袭击的人浪中逆行一般，生驹奔跑着。这一次不能逃避，我要，我要用贯筒打倒卡巴内！ —— 于是，为了成为真正能闪耀光辉的男人，生驹的战斗开始了。

在全国大赛（高中联赛）中，经过一番激斗，总北高中自行车竞技部的小野田坂道漂亮地取得了综合优胜。在夏季即将结束之际，他为了从即将毕业的三年级生金城、卷岛、田所之处继承“全员相互支撑向前奔驰”的总北队之魂，而每天坚持练习。 某天，总北队收到了历年高中联赛的成绩优秀队伍出场的“熊本 火之国山间比赛”的出场邀请。放言打倒总北而燃烧斗志的箱根学园、京都伏见、广岛吴南这些对手队伍，以及拥有“炎之爬坡者”吉本的本地队伍熊本台一，这些全国的强豪队将会在此次比赛中参赛，而为了准备比赛，坂道等总北成员也士气高涨。然而，只有一人例外——。 现在的总北队的“最后的比赛”，将以熊本、阿苏山为舞台展开。“继承灵魂，并将其超越。”胸中怀着炽热的决心，男儿们再次站在起点线上——！

一头大熊在雪地中行走。它在一座标有“保罗·克利姆电影”的小房子面前停下脚步，并打开了房子的大门。大熊变成了保罗·克利姆本人，他走进这位导演的电影摄影棚，并为一个动画小人展示自己1931年拍摄的第一部电影《多彩小丑》……

母亲被不明凶手杀害后，被自己的父亲——神圣布里塔尼亚帝国皇帝所流放、被人遗忘的皇子·鲁路修。他在被神圣布里塔尼亚帝国所支配的日本——11区隐姓埋名地生活着，为了总有一天能将冷眼对待母亲死亡这件事以及夺走了妹妹娜娜莉的双眼视力和双腿自由的神圣布里塔尼亚帝国打倒。当鲁路修从神秘的美少女C.C.那里得到了能对任何对象下达绝对遵守之命令的力量“GEASS”之时，他为了实现自己的野心而展开了行动——。

7年后的“班会”的前一天，去了旧校舍的渚和业的想法是…… 在扬言要炸掉地球的同时，担任着3年E班班主任的奇怪生物，通称“杀老师”。暗杀者是学生，暗杀对象的老师。这个奇妙的羁绊，赌上“生命”的毕业前一年里的故事。 ……从“暗杀教室”毕业7年后，渚带着特别的想法，在同班同学前来旧校舍重聚的同一天，独自一人来到的旧校舍。但是，在本应空无一人的教室里，已经有人先来了。那是曾与自己在这个教室里共同成长的业同学。 在各自的道路上开始新的挑战之前，两人互相确认了自己在这个教室中收货的东西。在那特别的一年里，他们感受到了什么呢？。然后，现在才明白，杀老师的想法是……————《暗杀教室 365日倒数计时》是由Lerche制作的动画电影。电影作为松井优征创作漫画《暗杀教室》的剧场版动画，在全两季电视动画的基础上对故事进行精编，并加入原创的日后谈剧情。动画情节设定在毕业7年后的“同学会”的之前，两位男主角潮田渚、赤羽业回到椚丘中学三年E班的旧校舍，回想起有关杀老师的事。 该动画电影于2016年11月19日在日本上映，同年11月25日在中国台湾上映。