Filmas "Labirinta skrējējs" turpinājuma sākumā Tomass (Dilans O'Braiens) un pārējie izdzīvojušie meklē norādes par kādu noslēpumainu, ietekmīgu organizāciju. Drīz vien viņi nonāk svelmainā tuksnesī, kas ir pārpilns ar neiedomājamiem šķēršļiem, kā arī tur viņus gaida šokējošs pārsteigums. Vai viņiem izdosies vēlreiz izdzīvot šausminošos pārbaudījumos?
Tasja strādā slepenā korporācijā, kura izmanto smadzeņu implantus, lai iemiesotos citu cilvēku ķermenī un paveiktu pasūtījuma slepkavības. Lai gan viņa ir kā radīta šim darbam, piedzīvotais ir atstājis smagas sekas viņas privātajā dzīvē. Viņa nespēj aizmirst pieredzēto un cīnās ar agresivitātes lēkmēm. Kad viņas mentālais stāvoklis piedzīvo pilnīgu sabrukumu, viņa attopas kāda sveša vīrieša prātā un nespēj no tā tikt ārā.