Cæsar og hans aper blir tvunget inn i en dødelig konflikt med en menneskehær ledet av en nådeløs oberst. Apene må tåle store tap og Cæsar blir tvunget til å lede apene på en mørk og mytisk jakt for å hevne sitt folk. Når Cæsar og obersten endelig møtes blir de kastet inn i en episk kamp som til slutt vil avgjøre skjebnen til deres respektive raser og planetens fremtid.

Contagion forteller historien om et livsfarlig virus, spredd via luften og med dødelig utfall i løpet av bare få dager. Samtidig som den raskt voksende epidemien utvikler seg, arbeider legemiddelindustrien verden over med å finne en løsning. Håpet er å stoppe det livsfarlige viruset - men også den altomfattende panikken som angriper menneskene i en enda raskere fart enn sykdommen selv.