Brooklyni sõbralik kangelane Ämblikmees saab taas kokku Gwen Stacyga ning ta paisatakse läbi multiversumi, kus ta kohtub Ämblikinimeste meeskonnaga, kelle ülesandeks on kaitsta oma rahva püsimajäämist. Kangelaste vahel tekib konflikt, kui nad ei suuda leida üksmeelt uue ohuga tegelemise suhtes. Miles, sattunud vastuseisu teiste Ämblikega, peab ümber mõtestama, mida tähendab olla kangelane, et päästa endale kõige armsam rahvas.

Lõvi Alex, sebra Marty, kaelkirjak Melman ja jõehobu Gloria on ikka veel Madagaskaril, kuid vahepealse aja jooksul on sündinud sedavõrd hullumeelne plaan, et see võib isegi toimida. Nimelt on suutnud ettevõtlikud pingviinid seada töökorda vana lennukivraki ning nüüd kavatsevad sõbrad sellega tagasi koju lennata. Paraku püsib sõiduk õhus ainult natuke aega, millele järgneb hädamaandumine Aafrika südames. Seal kohtavad nad esmakordselt elus liigikaaslasi ning tutvuvad oma juurtega.

Kui oled alistanud kurja lohe, vabastanud kauni printsessi ja päästnud oma äia-ämma kuningriigi, siis mida üks sookoll peaks edasi tegema? Shrekist on saanud talle endalegi ootamatult kodustatud pereisa. Selle asemel, et hirmutada külarahvast nagu ennevanasti, jagab ta nüüd hangudele autogramme. Ja mis on saanud Shreki metsikust möirgest? Unistades päevadest, mil ta tundis end “tõelise sookollina”, kirjutab Shrek alla lepingule Ruuben Tirtsuga. Korraga leiab ta end mingis pea peale pööratud maailmas, kus sookollidele peetakse jahti, Ruuben Tirts on kuningas ning Shrek ja Fiona pole kunagi kohtunudki. Nüüd peab Shrek ise enda suure eksisammu heastama, sest vaid nii on tal lootust päästa oma sõbrad, muuta maailm endiseks ning võita tagasi oma tõeline armastus.