클론 전쟁이 시작되었던 때로부터 3년이 지나고 팰퍼틴 의장과 제다이 사이의 불화는 더욱 커져 클론 전쟁은 더 이상 걷잡을 수 없게 격화된다. 자신이 제다이가 될 것임을 굳게 믿고 있던 아나킨은 제다이 기사 자격을 줄 수 없다는 기사단의 결정에 절망하고, 스승인 오비완과의 갈등은 더욱 깊어만 간다. 그런 아나킨에게 자신의 정체를 드러낸 팰퍼틴은 절대적인 힘을 갖게 해 주겠다며 그를 유혹하고, 아나킨은 점점 어둠의 힘에 이끌려 변해간다. 어둠의 세력에 완전히 장악 당한 아나킨은 자신에게는 아버지나 다름없는 오비완과 맞닥뜨리게 되는데...

폴리네시아에 거대한 태풍이 오고, 인펀트 섬에 있던 모스라의 알이 이 때문에 바다로 떠내려가고 만다. 모스라의 알은 일본 시즈노우라 앞바다까지 떠밀려온다. 거대한 모스라의 알은 화젯거리가 되고, 신문기자 사카이 이치로는 알을 취재하기 위해 온다. 그러나 해피 공업의 쿠마야마라는 사람이 나타나 자신이 알을 최초 발견자로부터 샀으니 알에 대한 권리는 모두 자기에게 있다며 알을 조사하는 과학자와 기자들을 모두 쫒아낸다. 해피 공업은 모스라의 알을 구경거리로 삼아 돈을 벌 생각이었다. 이들 앞에 소미인이 나타나 알을 제발 돌려달라고 부탁하지만, 쿠마야마와 해피 엔터프라이즈의 사장은 소미인도 잡으려고 든다. 도망친 소미인들은 이번에는 사카이 일행의 앞에 나타나 모스라의 알을 되찾는 것을 도와달라고 부탁한다. 사카이 일행은 소미인들과 함께 해피 공업에 정식으로 찾아가 모스라의 알을 돌려달라고 요청하지만 매몰차게 거절당한다. 실망한 소미인들은 모스라와 함께 인펀트 섬으로 돌아간다. 한편, 간척사업이 진행중인던 땅에서 방사능이 검출되고 이곳을 취재하러 간 사카이 일행은 땅 속에서 고지라가 솟아오르는 것을 목격한다. 킹콩에게 패배해 바다로 떨어졌던 고지라가 다시 깨어난 것이다. 고지라는 요코하마로 향하며 중공업지대를 파괴한다.

세계적인 제약회사의 회장인 다코는 연구원인 사쿠라이 오사무와 후루에 긴자부로를 파로 섬으로 보낸다. 파로 섬에서만 자라는 소마 열매는 강력한 마취 성분을 갖고 있으며 중독성이 없는데, 그는 이 열매로 신약을 개발하려 한다. 또한 다코 회장은 연구원들에게 킹콩의 존재 여부 또한 알아올 것을 부탁한다.파로 섬에 도착한 사쿠라이와 후루에는 킹콩을 발견하고, 소마 열매로 킹콩을 마취시켜 일본으로 데려온다. 한편 7년 전 빙하에 갇혔던 고질라가 깨어나고 바다를 건너 일본에 출몰한다. 일본으로 끌려온 킹콩도 탈출하는데 성공하여 마침내 두 괴물이 격돌하게 되는데...

프랑스가 낳은 악의 영웅·한토마의 암약을 그린 시리즈 제2탄. 쥬베 경감의 훈장 수여식에서 괴도·판토마로부터 축전이 도착한다. 그때 판토마는 텔레파시 유도 총을 개발했던 마르샤 교수를 유괴하고 이번엔 공동 개발자인 르페브르 교수의 유괴를 노린다. 한편 판토마의 가공할 계획을 일찌감치 깨달은 팬돌은 판토마에게서 얻은 힘을 사용해 르페브르 교수로 변장하고 기다리는데...

고지라 시리즈에 등장한 괴수들은 물론이고 토호에서 만든 바란 등의 비고지라 계열 단독작품 괴수들도 나오는 올스타전과도 같은 작품이다. 이 작품의 배경은 1999년으로 쇼와 고지라 시리즈 타임라인 상으론 마지막이라고 봐도 무방할 정도의 특징이다. 즉 이때는 메카고지라의 역습의 이후 시점을 다루는 시퀄인 셈. 물론 이미 30년 넘었긴 했지만, 당시 미니어처는 나름대로 나쁘지 않은 수준이다.

프랑스가 낳은 악의 영웅·판토마의 암약을 그린 시리즈 제3탄. 인류를 위기에 빠뜨릴 비밀 병기를 입수한 판토마는 세계의 자산가들에게 "생명 보장 세금"을 요구한다. 이에 반기를 든 맥라쉴리 경은 예전의 비밀 조직 동료나 이탈리아의 마피아 그리고 쥬베 경감과 팬돌, 엘렌느 등과 합세해 판토마에 대항하는데...

해군 정보군의 중위인 조단 오닐(데미 무어)은 뛰어난 정보 분석력과 판단력을 갖추었지만, 단지 여자라는 이유로 번번이 무시당하기 일쑤이다. 조단 오닐은 걸프전이 발발했을 때에도 참전을 신청하지만 거절당한다. 군대에서 여자가 인정받기란 매우 어려운 일인데 어느날 그녀에게 네이비 씰 특전단 훈련에 참가할 수 있는 기회가 주어진다. 그것이 비록 정치적인 목적으로부터 나온 것이긴 하지만 그녀에게는 평생의 소원을 이룰 수 있는 기회가 온 것이다. 남자라는 자존심으로 가득찬 훈련생들과 교관들의 멸시를 이겨내고 그녀는 남자와 똑같은 조건에서의 강훈련을 무사히 견뎌내려 하는데...

'미이라'에서 동고동락을 한 릭 오코넬과 에블린은 결혼하여 8살짜리 아들까지 두고 행복한 가정을 꾸려나가고 있다. 그들은 고대 이집트 문명에 관한 전문가가 되어, 세계 어느 곳이든 발굴 여행을 떠난다. 그러던 어느날 에블린이 환영을 보고, 그것을 근거로 이집트의 한 무덤에 발을 들여 놓는다. 그곳은 바로 오래전 죽음의 신 아누비스의 군대를 이끌고 전세계를 정복하였던 전설적인 왕 스콜피온 킹의 팔찌가 있는 곳이었다. 스콜피온 킹이 세계를 정복하는 꿈을 이루자 죽음의 신은 스콜피온 킹이 약속한대로 그의 영혼을 거두고 그의 군대와 종족을 없애 버렸다. 스콜피온 킹은 누군가가 그의 팔찌를 찾아 그를 환생시켜 군대를 다시 통솔할 날을 기다리며 조용히 무덤속에 묻혀 있었다. 한편, 부활한 고대 이집트 마법사 이모텝은 세계를 정복하기 위해서는 스콜피온 킹 팔찌를 찾은 뒤 그를 죽이고 그의 군대를 이용해야만 한다는 결론을 내린다. 그러나 그 팔찌는 우연히 오코넬 아들 손에 들어가고...

아무리 늙어도 돈은 있어야지. 101세 괴짜 전직 스파이가 팔팔한 80대 파트너와 함께 소련산 탄산음료 제조법을 찾아 떠난다. 국경을 넘어 진격하라, 실버 원정대.

프랑켄슈타인의 세포에서 태어난 인간형 바다 짐승 가이라가 도쿄의 해안을 공격한다. 일본군이 행동을 취할 준비를 하는 동안, 가이라의 가르간투아 형제인 산다는 그의 친척을 지키기 위해 산에서 내려온다. 선과 악의 싸움이 이어지며, 형제들은 분열되고 도시는 폐허가 된다.

원숭이가 지배하는 지구의 미래 모습을 알고 있는 코넬리우스(로디 맥도웰)와 지라(킴 헌터)는 인간들에게 이 사실을 알려주기 위해 시간을 돌려 현재로 온다. 사람들은 원숭이 종인 줄만 알고 그들을 동물 보호소에 가두어둔다. 처음엔 신분을 드러내지 않았던 그들은 우연찮게 말을 하게 되고 그것을 보게 된 사람들은 그들이 예사롭지 않다는 것을 인정, 증언대에 세우게 된다. 코넬리우스와 지라는 그들이 미래에서 왔으며 미래에서는 그들이 인간들을 지배한다는 충격적인 발언을 한다. 이 광경이 TV로 전세계에 방영되자 이들을 우습게 보던 사람들은 극진한 대접을 하기 시작하는데...

모스라가 사는 인펀트섬을 점령한 테러리스트들, 일명 '붉은 대나무'는 이곳을 기지로 삼고 주민들을 강제로 일을 시킨다. 바다에는 에비라랍스터가 지키고 있어서 탈출은 불가피하다. 그때 주인공 일행이 동굴에서 고지라를 발견하고 고지라 머리에 칼을 올려놓고 고지라를 깨운다 깨어난 고지라는 테러 리스트들의 기지를 파괴하고 에비라와 한판 뜬다. 그때 모스라가 돌아오고 고지라랑 협공해 에비라를 해치운다.

실험 중 감마선에 노출된 이후 분노를 통제할 수 없는 상태가 되면 괴력을 지닌 녹색 괴물 헐크로 변하게 되는 브루스 배너. 필사적으로 치료제 개발에 매달리지만, 그의 능력을 이용하려는 정부와 군대의 끈질긴 추격을 받고 쫓기게 된다. 한편 헐크의 거대한 힘의 비밀을 파헤치던 이들은 헐크보다 더 파괴적인 어보미네이션을 만드는데 성공, 도시 전체를 집어삼키려 한다. 이에 브루스 배너는 정상적인 인생을 되찾으려던 계획을 버리고, 어보미네이션과 군대, 그리고 자기 자신과의 마지막 대결을 준비하는데...

프랑켄슈타인이 만든 괴물을 다시 살리고 싶은 욕망을 가진 과학자 니만은 죽은 시체를 이용해 실험한다는 이유로 마을 사람들에 의해 15년간 감옥에 갇히게 된다. 그리고 보통 사람의 몸을 갖길 소망하는 곱추 다니엘을 데리고 감옥을 탈출한다. 그는 그를 감옥에 있게 만든 사람들에게 복수하기 위해, 잠든 뱀파이어를 깨우고, 빙하에 냉동된 늑대 인간과 다니엘을 이용만 하는 니만은, 다니엘이 사랑했던 여인이 죽게 되자 위험에 빠지게 되는데...

괴물의 창조자 프랑켄슈타인박사의 또다른 아들인 루드빅 프랑켄슈타인을 찾아 괴물을 데리고 '바사리아'로 찾아온 이고. 괴물에게 새로운 뇌를 이식시켜 좋은 성품과 인격을 부여하고자 하는 루드빅 프랑켄슈타인박사의 계획에 이고는 슬며시 계락을 꾸미는데...

과학자 브루스 배너는 분노를 적절하게 조절해야만 한다. 명석한 과학자로서 평온한 그의 삶은 억제된 욕망을 품고 있으며 유전적인 기술이 처절한 그의 과거를 숨기고 있다. 옛날 여자친구이자 그의 뛰어난 동료, 베티 로스는 브루스의 감정 기복에 지쳐서 그의 삶을 바라보기만 할 뿐이다. 그러다 베티는 초기 공판이 진행되는 동안 배너의 혁신적인 연구로부터 무언가를 발견하게 된다. 잠깐의 실수는 폭발적인 상황을 야기시키고 브루스는 순간의 결정을 내린다. 그의 영웅적 충동심으로 다른 이의 생명을 건지고 그 자신은 상처 하나 입지 않는다. 그러나 그의 몸은 감마 방사선을 치사량 이상으로 노출된 상태였다. 그런 후 알 수 없는 일들이 일어나기 시작하는데 아침에 일어났던 일들을 기억조차 못할 정도의 의식을 상실하게 된 것이었다. 그러한 상황은 실패한 실험이 초래한 예기치 못한 결과였다. 그러나 배너는 자기 내부의 다른 존재들로 낯설긴 하나 매우 친밀하며, 다소 위험하나 은근히 매력적인 것으로 상반되는 것들을 느끼게 된 것이었다. 거대한 피조물인 헐크가 간헐적으로 그 모습을 드러낸다. 파괴를 일삼아 배너의 연구실을 피투성이로, 집안의 모든 벽을 부셔버린다. 이로 인해 베티의 아버지, 썬더볼트 로스 장군의 지휘 아래 병력이 동원되고, 그의 맞수인 연구가 글렌 탈봇이 여기에 동참한다. 개인의 복수혈전과 가족 관계가 극대화되어 위험을 증폭시킨다. 베티 로스는 뒷 배경에 어두운 인물로 브루스의 아버지인 데이비드가 어느 정도 이 일에 연루되었다는 것을 알게된다. 그녀는 과학자와 헐크 간의 관계를 이해하는 유일한 인물이며, 군대의 위협을 막으려고 노력한다. 그 괴물을 생포하기 위해 모든 병력들이 동원되고...

나나하라 슈야와 나카가와 노리코가 BR 법에서 살아남은지 3년의 시간이 흘렀다. 테러의 시대로 접어든 세상에서 사람들은 BR 법을 시행한 국가에 대항하여 수도를 파괴하고, 이에 정부는 나나하라를 테러리스트의 중심 인물로 지명수배한다. 반BR법 조직인 '와일드 세븐'의 리더가 된 나나하라는 자신을 사지로 몰아넣었던 어른들을 상대로 선전포고를 하고, 정부는 다시 BR II 라는 법을 제정하여 또 다른 중학교 3학년생들에게 강제로 군복을 입힌다. BR II는 제한 시간 3일 내에 2명씩 태그 매치를 이루어 나나하라를 발견하여 죽이면 승리하는 것이다. 상대가 학생들이라는 것을 모르는 와일드 세븐은 다시 어른들에 의해 서로가 서로를 죽이게 되는데...

미 해군 소속 조종사인 '코브라' 부치와 '로데오' 톰은 버려진 화학 공장에 폭탄을 투하하라는 명령을 받고 실행한다. 하지만 그 명령은 잘못된 것이었고, 이들의 폭탄에 무고한 군인 한 명과 민간인들이 사망하는 일이 벌어지고 만다. 부대가 찾고 있던 '레인메이커'라는 비밀 화학 무기의 행방이 묘연한 가운데, 부치와 톰은 재판을 받고 억울한 제대를 한다. 그로부터 7년 후, 공항의 수리공으로 지내던 부치는 '레인메이커'가 인명 살상에 사용될지도 모른다는 소식을 듣게 되고, 잃어버린 명예를 되찾기 위해 '레인메이커'를 없애기 위한 위험천만한 비밀 작전에 참여하게 되는데...