سی سال پس از جنگ جهانی سوم حالا دیگر توکیو به یک شهر بسیار بزرگ و صنعتی تبدیل شده که هیچ آرامشی در آن وجود ندارد، همچنین گروه‌های خلافکاری که شب و روز در حال جنگ با یکدیگرند و اعتراضات شدید مردم نا امنی در این شهر را چندین برابر کرده‌است.یکی از گروه‌های موتورسوار و خلافکار این شهر دسته ای از دانش آموزان هنرستانی، به ریاست کانداست. یکی از دوستان صمیمی کاندا تتسوهو نام دارد که ضعیف‌ترین عضو گروه است و این کانداست که همیشه هوای او را دارد ولی تتسوهو همیشه نسبت به موتور و توانایی‌های کاندا در مبارزه حسادت می‌کند.علت وقوع جنگ جهانی سوم به کودکی به نام آکیرا بازمی‌گردد، آکیرا و سه کودک دیگر وجود داشتند که در گذشته به خاطر توانایی‌های خاصی که داشتند دولت آن‌ها را جمع‌آوری کرده بود ولی آکیرا قدرتی بسیار فراتر از همه آن‌ها داشت و وقتی از کنترل خارج شد جنگ جهانی سوم آغاز شد. پس از جنگ آکیرا را در محفظه دور از دسترس همگان قرار دادند و از آن سه کودک دیگر تحد تدابیر امنیتی شدید نگهداری کردند تا وقتی که سی سال بعد یکی از آن هلا اقدام به فرار کرد
جزیره‌ای در جنوب ژاپن. «سوسوکه» پسر بچه‌ای پنج ساله است که همراه مادرش در خانه‌ای کوچک بالای صخره‌ای مشرف به یک شهر کوچک بندری زندگی می‌کند. او با یک ماهی قرمز کوچولوی دختر به نام «پونیو» دوستی پیدا می‌کند که آرزو دارد انسان بشود.
یک روز «نوبیتا نوبی» خرس به خصوصی را که توسط مادربزرگش به او اهدا شده است، پیدا می‌کند. طولی نمی‌کشد که «نوبیتا» تصمیم می‌گیرد تا در زمان سفر کند و...
سه بچه به طور اتفاقی معجون ساخته دانشمندی را می‌خورند که آن‌ها را به ماهی تبدیل می‌کند. حال آن‌ها باید معجون پادزهر را طی ۴۸ ساعت پیدا کرده و بنوشند تا به حالت عادی برگردند و در غیر این صورت، برای همیشه ماهی باقی خواهند ماند...